Филогенетика
-
Филогенетика и её методы
- Филогенетика изучает эволюционную историю жизни с помощью генетики.
- Филогенетическое древо отображает гипотетические взаимоотношения между организмами.
- Филогенетические диаграммы могут быть корневыми или некорневыми.
-
Применение филогенетики
- Филогенетика используется для понимания биоразнообразия, эволюции, экологии и геномов.
- В исследованиях рака филогенетика помогает изучать клональную эволюцию опухолей.
- Филогенетика помогает в разработке и открытии лекарств, выявляя полезные признаки у видов.
-
Таксономия и классификация
- Таксономия идентифицирует, присваивает названия и классифицирует организмы.
- Линнеевская система классификации основана на фенотипе.
- Современные методы классификации основаны на филогенетических данных.
-
Построение филогенетического древа
- Методы включают вычислительные подходы и байесовский вывод.
- Фенетика использовала методы на основе матрицы расстояний.
- До 1950 года филогенетические выводы представлялись в виде повествовательных сценариев.
-
Воздействие отбора проб таксонов
- Выбор таксонов влияет на структуру и точность филогенетических деревьев.
- Недоступные наборы данных ограничивают таксономическую выборку.
- Увеличение числа генетических образцов повышает точность.
-
Споры о точности филогенетических деревьев
- Увеличение числа таксонов может повысить точность.
- Увеличение числа нуклеотидных участков для выравнивания последовательностей также повышает точность.
- Большинство точек на графике указывают на повышение точности при отборе меньшего количества таксонов с большим количеством участков.
-
История филогенетики
- Термин «филогения» введен Геккелем в 1866 году.
- Дарвиновский подход к классификации известен как «филетический».
- Теория рекапитуляции Геккеля была отвергнута.
-
Ключевые моменты в истории филогенетики
- Принцип бережливости (lex parsimoniae) введен Оккамом в 14 веке.
- Байесовская теория вероятностей возрождена в 1950-х годах.
- Пьер Симон де Лаплас использовал ML в 18 веке.
- Жан-Батист де Ламарк предложил эволюционную теорию в 1809 году.
- Дарвин и Уоллес разработали эволюционную теорию в 1858 году.
- Эрнст Геккель ввел термин «кладус» в 1866 году.
-
Развитие методов филогенетики
- В 1912 году Рональд Фишер популяризировал ML.
- В 1940 году Люсьен Куэно ввел термин «кладоискательство».
- В 1950 году Вилли Хенниг формализовал филогенетическую систематику.
- В 1963 году Эдвардс и Кавалли-Сфорца впервые использовали ML для филогенетики.
- В 1970 году Нейман успешно применил ML для определения белковых последовательностей.
-
Современные методы и инструменты
- В 1980 году Джозеф Фельзенштейн создал PHYLIP, первый программный пакет для филогенетического анализа.
- В 1990-х годах появились новые методы, такие как NNI и ME.
- Современные методы включают Bootstrap и MAST.
-
История и развитие филогенетического анализа
- Филогенетический анализ основан на методе максимального правдоподобия Фельзенштейна.
- Первый кладистический анализ эукариот проведен Дианой Липскомб.
- В 1986 году Макклейд, Мэддисон и Мэддисон-младший разработали метод объединения соседей.
- В 1996 году Ли, Мау, Ранналой и Янг независимо разработали методы байесовского вывода.
-
Применение филогенетического анализа в фармакологии
- Филогенетический анализ используется для идентификации видов с фармакологическим потенциалом.
- Современные методы позволяют изучать близких родственников для выявления биологически активных соединений.
-
Применение филогенетического анализа в биоразнообразии
- Филогенетический анализ помогает понять эволюционную историю и взаимосвязи между видами.
- Новые методы анализа выявляют редкие виды, полезные для экосистем.
-
Применение филогенетического анализа в эпидемиологии инфекционных заболеваний
- Филодинамика использует геномные данные для реконструкции случаев передачи инфекции.
- Теория слияния адаптирована для эпидемиологических целей.
- Различные структуры контактной сети приводят к различиям в форме филогенетических деревьев.
-
Применение филогенетического анализа в филологии
- Филогенетические методы используются для изучения эволюции языков и языковых семей.
- Байесовские методы позволяют реконструировать взаимосвязи между языками.
-
Применение филогенетического анализа в археологии
- Филогенетика применяется к археологическим артефактам для оценки неопределенности в топологии дерева.
- Байесовские методы используются для количественной оценки времени расхождения в форме артефактов.
-
Филогенетические сравнительные методы
- Методы, используемые для построения филогенетических деревьев
- Включают анализ ДНК, белков и других генетических маркеров
-
Филогенетическая сеть
- Метод, используемый для построения филогенетических сетей
- Включает анализ ДНК, белков и других генетических маркеров
-
Филогенетическая номенклатура
- Система обозначений для филогенетических групп
- Включает латинские и греческие названия
-
Просмотр филогенетического древа
- Процесс построения филогенетического древа
-
Программное обеспечение для филогенетики
- Инструменты для построения и анализа филогенетических деревьев
- Включает различные программы и приложения
-
Филогеномика
- Метод, использующий генетические данные для построения филогенетических деревьев
-
Филогения (психоанализ)
- Метод, используемый в психоанализе для изучения эволюции психики
- Включает анализ генетических и культурных факторов
-
Филогеография
- Метод, используемый в географии для изучения эволюции географических систем
-
Систематика
- Метод, используемый в биологии для классификации организмов
-
Рекомендации
- Список рекомендаций по использованию филогенетических методов
- Включает ссылки на внешние ресурсы и библиографию
-
Библиография
- Список литературы по филогенетике
- Включает как научные статьи, так и книги
-
Внешние ссылки
- Ссылки на дополнительные ресурсы по филогенетике
- Включают статьи, книги и программное обеспечение
-
Словарное определение филогенетики в викисловаре
- Определение термина «филогенетика» в словаре викисловаря
-
Эволюционная биология
- Раздел биологии, изучающий эволюцию живых организмов