Variants of SARS-CoV-2
-
Происхождение и эволюция SARS-CoV-2
- SARS-CoV-2 вызывает COVID-19
- Происхождение вируса неизвестно, возможно, результат рекомбинации между коронавирусами летучих мышей и панголинов
- Ранние геномы вируса были собраны в декабре 2019 года
-
Важность вариантов SARS-CoV-2
- Некоторые варианты могут быть более заразными, вирулентными или устойчивыми к вакцинам
- Варианты способствуют продолжению пандемии COVID-19
-
Классификация вариантов
- Варианты SARS-CoV-2 делятся на варианты интереса (VOI), варианты под наблюдением (VUM) и варианты высокого последствия (VHC)
- VOI имеют генетические изменения, влияющие на характеристики вируса, и циркулируют в нескольких регионах ВОЗ
- VUM и VHC требуют дальнейшего изучения и подтверждения
-
Критерии значимости вариантов
- Варианты могут быть более заразными, вызывать больше случаев заболевания и смертей
- Они могут уклоняться от диагностических тестов и нейтрализующих антител
- Могут вызывать повторные инфекции и инфицировать вакцинированных
-
Эволюция и мутации
- Ранние стадии пандемии характеризовались меньшим количеством мутаций и вариантов
- С течением времени вирус эволюционировал, создавая новые варианты
- Некоторые варианты, такие как Alpha и Delta, оказались более заразными
-
Определение и классификация
- VOC — вариант, вызывающий беспокойство из-за повышенной заразности, вирулентности или устойчивости к вакцинам
- VOI — вариант, вызывающий интерес из-за генетических изменений, влияющих на характеристики вируса
- VUM — вариант, требующий дальнейшего изучения и подтверждения
-
Международные организации и исследования
- ВОЗ регулярно обновляет информацию о вариантах SARS-CoV-2
- Другие организации, такие как CDC, могут иметь свои определения и классификации
- Исследования продолжаются для понимания и контроля новых вариантов
-
Классификация вариантов SARS-CoV-2
- Варианты SARS-CoV-2 группируются по линиям и мутациям.
- ВОЗ ввела греческие буквы для обозначения важных штаммов.
- Решение о греческих буквах было принято из-за критики использования названий стран.
-
Линии и клады
- Существует множество тысяч вариантов SARS-CoV-2.
- Варианты можно разделить на линии и клады.
- GISAID, Nextstrain и PANGOLIN предлагают различные системы классификации.
-
Выбор референсной последовательности
- Выбор референсной последовательности зависит от исследования.
- WIV04/2019 считается наиболее близкой к исходной последовательности.
-
Исторические варианты и их характеристики
- Alpha, Beta, Gamma и Delta не изменили точность тестов и нейтрализующую активность антител.
- Omicron продолжает обнаруживаться ПЦР-тестами.
-
Ранее циркулирующие варианты
- Alpha, Beta, Gamma и Delta ранее были вариантами, вызывающими беспокойство.
- В марте 2022 года ВОЗ перевела их в категорию «ранее циркулирующих вариантов».
-
B.1.1.7 с E484K
- Вариант с мутацией E484K был обнаружен в Великобритании и Орегоне.
- ВОЗ классифицировала его как «ранее циркулирующий вариант».
-
B.1.351
- Вариант был обнаружен в Южной Африке и классифицирован как «ранее циркулирующий вариант».
- Содержит три мутации, улучшающие связывание с клетками.
-
P.1
- Вариант был обнаружен в Токио и классифицирован как «ранее циркулирующий вариант».
- Содержит 17 уникальных аминокислотных изменений, включая три мутации.
-
Новый вариант в Манаусе
- Новый вариант отсутствовал в образцах с марта по ноябрь 2020 года
- Обнаружен в 42% проб с 15 по 23 декабря 2020 года, затем в 52,2% с 15 по 31 декабря и в 85,4% с 1 по 9 января 2021 года
- Вирусная нагрузка может быть почти в десять раз выше, чем у других линий
- В 2,2 раза более высокая трансмиссивность
- Снижает 25-61% наследственного иммунитета
- Приводит к летальному исходу на 10-80% чаще
-
Вакцинация и гамма-вариант
- Вакцины Pfizer и Moderna снижают эффект нейтрализации гамма-инфекции
- Эффективность вакцины CoronaVac от Sinovac составляет примерно 50%
- Вакцина Оксфорд-AstraZeneca эффективна против гамма-варианта
- Вакцина КоронаВак также эффективна против гамма-варианта
-
Дельта-вариант
- Глобально доминирующий вариант, обнаружен в Индии
- Обнаружен в октябре 2020 года, распространился по всему миру
- В мае 2021 года объявлен «вызывающим беспокойство вариантом»
- В июне 2021 года появились сообщения о варианте с мутацией K417N
- В июле 2021 года ВОЗ снизила уровень распространения до «ранее циркулировавших вариантов»
-
Эпсилон-вариант
- Обнаружен в июле 2020 года в Калифорнии
- В ноябре 2020 года составлял 36% образцов в медицинском центре Седарс-Синай
- В январе 2021 года составлял 50% образцов
- В апреле 2021 года частота снизилась из-за вытеснения Альфа-вирусом
-
Зета-вариант
- Обнаружен в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии
- В феврале 2021 года обнаружен в 23 странах
- В июле 2021 года рассматривается как «изучаемый вариант»
-
Тета-вариант
- Обнаружен на Филиппинах в феврале 2021 года
- Мутации E484K и N501Y обнаружены в 37 из 50 образцов
-
Мутации и варианты COVID-19
- 13 марта Министерство здравоохранения подтвердило мутации, обозначенные как lineage P.3.
- В тот же день был подтвержден первый случай заболевания COVID-19, вызванный Гамма-вариантом.
- На Филиппинах зарегистрировано 98 случаев Тета-варианта, в Японии и Великобритании также обнаружены случаи.
- В Малайзии обнаружено 8 случаев Тета-варианта.
-
Варианты, переклассифицированные ВОЗ
- Тета-вариант больше не рассматривается ВОЗ как представляющий интерес.
- Йота-вариант (B.1.526) и Каппа-вариант (B.1.617.1) также переклассифицированы.
- Лямбда-вариант (C.37) и Му-вариант (B.1.621) также переклассифицированы.
-
Омикрон и его сублинии
- Омикрон (B.1.1.529) объявлен ВОЗ вызывающим озабоченность вариантом 26 ноября 2021 года.
- BA.1, BA.1.1 и BA.2 были наиболее распространенными сублиниями Omicron.
- BA.2 более передающийся, чем BA.1.
- В 2022 году появились новые штаммы, включая XBB.1.5 и EG.5.
-
Новые варианты и их распространение
- В 2023 году появились новые подварианты, такие как BA.2.86 и JN.1.
- JN.1 стал наиболее распространенным вариантом SARS-CoV-2 в некоторых регионах.
- В 2024 году ожидается появление новых вариантов, таких как KP.2 и XEC.
-
Мониторинг и классификация вариантов
- ВОЗ ввела новую категорию для потенциально опасных сублиний Omicron.
- Линия B.1.1.207 и B.1.1.317 также примечательны, но не считаются вызывающими беспокойство.
- Линия B.1.616 трудно обнаружить, требуется использование образцов из нижних дыхательных путей.
- Линия B.1.618 имеет мутацию E484K и распространилась в Западной Бенгалии, Индия.
- В июле 2021 года обнаружены аномальные штаммы SARS-CoV-2 неизвестного происхождения.
-
Обнаружение и распространение B.1.640.2
- Обнаружен в октябре 2021 года в Марселе, Франция
- Заразил 12 человек, вернулся из Камеруна
- ВОЗ объявила его вариантом под мониторингом в декабре 2021 года
- Распространяется медленнее, чем Omicron, вызывает меньшее беспокойство
-
Рекомбинантные вирусы
- В марте 2022 года обнаружены рекомбинантные вирусы с элементами Дельта и Омикрон
- Неясно, сможет ли Deltacron конкурировать с Omicron
-
Супер мутировавший дельта-вариант
- В июле 2023 года обнаружен супер мутировавший дельта-вариант с 113 уникальными мутациями
-
Рекомбинантные линии SARS-CoV-2
- В 2022 году британское правительство сообщило о нескольких рекомбинантных линиях
- XE — рекомбинантная линия панго BA.1 и BA.2, скорость роста выше, чем у BA.2
-
Теория инкубации множества мутировавших вариантов
- Множественные мутации могут возникать при персистирующей инфекции
- Одни и те же делеции повторяются у разных пациентов
-
Заметные миссенс-мутации
- del 69-70: мутация в альфа-варианте, может привести к ложноотрицательному результату ПЦР-теста
- RSYLTPGD246-253N: мутация в лямбда-варианте, повышает способность избегать нейтрализующих антител
- N440K: мутация в 10 раз более инфекционна, связана с быстрым развитием мутации в Индии
- G446V: мутация в Японии, может влиять на сродство моноклональных антител
- L452R: мутация в Delta и Kappa, усиливает связывание с рецептором ACE2
- Y453F: мутация связана с распространением SARS-CoV-2 среди норок в Нидерландах
- S477G/N: мутация усиливает связывание спайка с рецептором hACE2
- E484Q: мутация в Kappa, усиливает связывание с ACE2, снижает эффективность антител
- E484K: мутация экранирует антитела, снижает эффективность вакцин
- F490S: мутация в Лямбде, снижает восприимчивость к антителам
- N501Y: мутация увеличивает сродство к связыванию, обнаружена в различных вариантах
- N501S: мутация, сходная с N501Y, повышает инфекционность вируса
- D614G: миссенс-мутация, влияет на спайковый белок
-
Мутация D614G
- Частота мутации D614G возросла в начале пандемии.
- Мутация увеличивает скорость передачи вируса.
- D614G коррелирует с потерей обоняния.
-
Мутация Q677P/H
- Мутация Q677P/H замещает глютамин на пролин или гистидин.
- Мутация обнаружена в нескольких линиях в США и за их пределами.
- Частота регистрации мутации возросла с конца 2020 по начало 2021 года.
-
Мутация P681H
- Мутация P681H замещает пролин на гистидин.
- Мутация демонстрирует экспоненциальное увеличение частоты.
- Мутация связана с альфа-вариантом и линией B.1.1.207.
-
Мутация P681R
- Мутация P681R замещает пролин на аргинин.
- Мутация обнаружена в линии B.1.617.
- Мутация связана с белком spike.
-
Мутация A701V
- Мутация A701V замещает аланин на валин.
- Мутация обнаружена в Малайзии и других странах.
- Мутация циркулирует в 85% случаев в Малайзии.
-
Методы обнаружения и оценки вариантов
- Современное секвенирование ДНК позволяет быстро обнаруживать генетические варианты.
- Программное обеспечение для визуализации филогенетического дерева помогает объединять геномные последовательности.
- Более 330 000 вирусных геномных последовательностей получено до марта 2021 года.
-
Межвидовая передача и кластер 5
- Существует риск передачи COVID-19 от человека к животным.
- В Дании обнаружен кластер 5, передавшийся от норок к людям.
- Кластер 5 вымер после карантина и массового тестирования.
-
Вакцины и иммунное уклонение
- Разработано множество вакцин, но взаимодействие вируса и людей изменилось из-за вакцин.
- Потенциальное появление устойчивых к вакцинам вариантов требует модификации вакцин.
- В июне 2022 года разработаны двухвалентные вакцины для защиты от дикого типа и варианта Omicron.
- В июне 2023 года FDA рекомендовало обновить рецептуру вакцин для использования в США.
-
Профилактика пандемии
- Эпиднадзор и картирование
- Разговорные названия вариантов COVID-19
-
Вакцина против COVID-19
- Эффективность
- Записи
- Рекомендации
- Дальнейшее чтение
- Внешние ссылки
-
КоВарианты
- Основные родословные
- Варианты GISAID – hCov19