Ходьба по грунтовке
-
Прохождение праймера: метод секвенирования ДНК
- Используется для клонирования генов из известных маркеров
- Применяется в растениях, грибах и млекопитающих
- Использует серию реакций секвенирования по Сэнгеру
-
Прохождение хромосомы: метод клонирования генов
- Используется для получения клонов известных последовательностей гена
- Применяется в умеренных модификациях в проектах клонирования и секвенирования
- Требует обнаружения маркера, связанного с мутантным локусом
-
Библиотеки больших фрагментов
- Используются в геномных проектах
- Скрининг библиотеки с помощью зонда
- Идентификация клонов с помощью перекрывающихся фрагментов
-
Процесс секвенирования
- Фрагменты упорядочиваются как короткие последовательности
- Секвенирование выполняется с каждого конца с использованием универсальных или специально разработанных праймеров
- Для полного секвенирования разрабатываются новые праймеры
-
Сравнение методов
- Прохождение праймера: медленное, требует много грунтовки
- Дробовое секвенирование: быстрое, требует меньше праймеров, но требует упорядочивания последовательностей
-
Процесс секвенирования методом дробовика
- ДНК разбивается на разные фрагменты, клонируется и секвенируется с помощью специфических праймеров
- Последовательности собираются в одну последовательность на компьютере
- Метод позволяет распараллелить секвенирование и устраняет необходимость в праймерах для конкретной последовательности
-
Общий процесс
- Праймер используется для синтеза короткой цепочки ДНК
- Новая короткая нить ДНК секвенируется методом обрыва цепи
- Конец секвенированной нити используется как праймер для следующей части последовательности
- Метод может быть использован для секвенирования целых хромосом