Однонуклеотидный полиморфизм
-
Определение и типы SNP
- Однонуклеотидный полиморфизм (SNP) — замена одного нуклеотида в геноме.
- SNP могут быть синонимичными или несинонимичными, влияющими на аминокислотную последовательность белка.
- SNP в некодирующих областях могут влиять на экспрессию генов и восприимчивость к заболеваниям.
-
Частота и распределение SNP
- В геноме человека более 600 миллионов SNP.
- SNP чаще встречаются в некодирующих областях и в областях с естественным отбором.
- Плотность SNP можно предсказать по наличию микросателлитов.
-
Популяционные различия и минорные частоты
- Между популяциями существуют различия в частотах аллелей SNP.
- Минорная частота аллелей — самая низкая частота аллелей в локусе.
- Методы объединения снижают стоимость анализа структуры популяций.
-
Приложения и важность SNP
- Ассоциативные исследования связывают SNP с заболеваниями и признаками.
- Tag SNP полезны в исследованиях ассоциации SNP с целым геномом.
- SNP важны для персонализированной медицины и биомедицинских исследований.
-
Клинические исследования
- Исследование общегеномных ассоциаций (GWAS) использует SNP для идентификации ассоциаций с заболеваниями.
- Исследование ассоциаций генов-кандидатов изучает ограниченное число заранее определенных SNP.
-
Подход на основе гипотезы
- Тестирование ограниченного числа SNP для выявления связи
- Метод ассоциации генов-кандидатов для подтверждения результатов GWAS
-
Определение гомозиготности
- Данные SNP по всему геному для картирования гомозиготности
- Картирование гомозиготности для идентификации гомозиготных локусов
-
Закономерности метилирования
- SNP важны для эпигенетической программы организмов
- Влияние SNP на метилирование CpG-сайтов
- Анализ обогащения meQTL для прогнозирования биологических признаков
-
Судебно-медицинские науки
- SNP использовались для сопоставления ДНК, но устарели
- Развитие NGS может улучшить использование SNP в фенотипических признаках
- SNP дают меньше информации, чем STR, но могут быть автоматизированы
-
Фармакогенетика
- SNP влияют на метаболизм лекарств и фармакодинамику
- Фармакогенетика и фармакогеномика важны для точной медицины
-
Заболевание
- GWAS выявили SNP, влияющие на заболевания
- SNP участвуют в патогенезе и разработке методов лечения
- Взаимодействие ген-ген и ген-окружающая среда важно для заболеваний
-
Примеры SNP
- rs6311 и rs6313 в гене рецептора серотонина
- SNP в гене Foxp3 связан с раком
- SNP в гене F5 вызывает лейденскую тромбофилию
- rs3091244 в гене CRP
- rs148649884 и rs138055828 в гене FCN1
- rs12821256 в цис-регуляторном модуле
- rs1059060 в гене PMS2 связан с повреждением ДНК сперматозоидов
-
Базы данных
- dbSNP содержит 149 735 377 SNP
- Kaviar и SNPedia поддерживают аннотацию и анализ генома
- OMIM описывает связь между полиморфизмами и заболеваниями
- dbSAP и база данных мутаций генов человека содержат информацию о мутациях и SNP
- HapMap и GWAS Central предоставляют данные об ассоциациях
-
Номенклатура
- Стандарт rs### используется dbSNP
- HGVS использует стандарт с большей информацией
- Примеры: c.76A>T и p.Ser123Arg
-
SNP-анализ
- SNP имеют два аллеля и три генотипа
- Методы анализа включают секвенирование ДНК, капиллярный электрофорез и масс-спектрометрию
-
Программы для прогнозирования эффектов SNP
- SIFT, СПИСОК, ЩЕЛЧОК 2, Полифен-2, Предсказания NP, Тестер мутаций, Предиктор вариантного эффекта, SNPViz, PhyreRisk, Missense3D
-
Смотрите также
- Аффиметрикс, Карта событий, Иллюминация, Международный проект HapMap, Короткий тандемный повтор (STR), Удлинитель с одним основанием, SNP-массив, Генотипирование SNP, СНПедия, Snpstr, Вызов SNV по данным NGS, Технология подвесных решеток
-
Ресурсы для SNP
- NCBI dbSNP: центральное хранилище одноосновных нуклеотидных замен и коротких делеционных и инсерционных полиморфизмов
- HGMD: база данных мутаций генов человека, включающая редкие мутации и функциональные SNP
- GWAS Central: центральная база данных о генетических ассоциациях на обобщенном уровне
- Проект «1000 геномов»: обширный каталог генетических вариаций человека
-
Инструменты для анализа SNP
- WatCut: онлайн-инструмент для разработки SNP-RFLP анализов
- SNPStats: веб-инструмент для анализа исследований генетических ассоциаций
- Домашняя страница рестрикции: набор инструментов для рестрикции ДНК и обнаружения SNP
-
Ресурсы для фармакогенетики
- PharmGKB: База знаний по фармакогенетике и фармакогеномике, ресурс для SNP, связанных с реакцией на лекарственные препараты и исходами заболеваний
-
Инструменты для идентификации SNP
- GEN-SNiP: онлайн-инструмент, который идентифицирует полиморфизмы в тестируемых последовательностях ДНК
-
Руководства и ресурсы
- Правила номенклатуры генов, генетических маркеров, аллелей и мутаций у мышей и крыс
- Руководство HGNC по номенклатуре генов человека
- Предсказатель SNP-эффекта с интеграцией galaxy
- Откройте SNP: портал для обмена результатами собственных тестов SNP
- dbSAP: SNP для обнаружения вариаций белка