Цитоскейп
-
Обзор Cytoscape
- Платформа для визуализации молекулярных взаимодействий с поддержкой экспрессии генов
- Включает плагины для сетевого анализа, молекулярного профилирования и других функций
- Разработана с использованием открытой архитектуры Java, поощряется разработка сообществом
- Существует также версия на JavaScript для анализа графиков в браузерах
-
История и развитие
- Создан в Институте системной биологии в 2002 году
- Разработка ведется международным консорциумом с открытым исходным кодом
- Выпущены версии 0.8, 0.9, 1.0, 1.1.1, 2.0, 2.83, 3.0, 3.4.0
- Версия 3.0 в 2013 году стала более модульной и расширяемой
-
Использование и плагины
- Применяется в биологических исследованиях, но универсален для визуализации различных типов сетей
- Плагины расширяют функциональность, разрабатываются сообществом и основными разработчиками
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на скриншоты и вики-страницу Cytoscape
- Упоминание других связанных проектов и технологий
Полный текст статьи: