16S рибосомная РНК
-
Структура и функции 16S-рРНК
- 16S-рРНК является компонентом 30S-субъединицы рибосомы.
- Связывается с последовательностью Шайна-Дальгарно и обеспечивает структуру SSU.
- Используется для филогенетических исследований из-за медленных темпов эволюции.
-
Применение ПЦР и NGS
- Ген 16S рРНК используется для идентификации бактерий и классификации новых видов.
- Секвенирование гена 16S рРНК позволяет быстро и дешево идентифицировать бактерии.
- NGS позволяет проводить метагеномные исследования.
-
Гипервариабельные области
- Ген 16S содержит девять гипервариабельных участков, которые участвуют во вторичной структуре рибосомы.
- Степень сохранности участков варьируется, что позволяет классифицировать бактерии на разных уровнях.
- Анализ гипервариабельных областей полезен для таксономических исследований, но не всегда точен для близкородственных видов.
-
Неразборчивость генов 16S рРНК
- Гены 16S рРНК могут эволюционировать через вертикальный и горизонтальный перенос.
- Эксперименты подтверждают возможность передачи генов 16S рРНК между бактериями.
-
Базы данных рибосом 16S
- Ген 16S рРНК используется для классификации и идентификации микробов.
- MIMt и EzBioCloud являются популярными базами данных для быстрой идентификации микроорганизмов.
-
База данных EzBioCloud
- Регулярно обновляется и включает новые виды-кандидаты
- Предоставляет инструменты биоинформатики, такие как ANI calculator и ContEst16S
- Включает базу данных рРНК 16S для QIIME и Mothur pipeline
-
Проект создания базы данных по рибосомам (RDP)
- Специализированная база данных, предоставляющая данные о рибосомах и связанные программы
- Включает филогенетически упорядоченные последовательности рРНК, филогенетические деревья и диаграммы вторичной структуры рРНК
- Данные доступны по ftp и электронной почте, некоторые аналитические услуги предоставляются сервером электронной почты
-
Сильва
- Комплексные данные выравниваний рРНК для всех трех доменов жизни
- Включает набор из поиска, грунтовка-дизайн и выравнивание средств
-
GreenGenes
- Контролируемая качеством база данных по гену 16S рРНК и таксономии
- Основана на филогении de novo, использует таксономические термины, предложенные в 2012-2013 годах
- Включает стандартные рабочие наборы таксономических единиц