Оглавление
Продолжение
-
Определение контига
- Контиг — это набор перекрывающихся сегментов ДНК, представляющих согласованную область ДНК.
- В проектах секвенирования “снизу вверх” контиги относятся к перекрывающимся данным о последовательности.
- В проектах секвенирования “сверху вниз” контиги относятся к перекрывающимся клонам, формирующим физическую карту генома.
-
История и развитие
- В 1980 году Штаден ввел термин “непрерывный” для описания данных секвенирования методом дробовика.
- Контиги были определены как наборы показаний геля, связанных наложением последовательностей.
-
Секвенирование “снизу вверх”
- Геномная ДНК фрагментируется на небольшие фрагменты перед секвенированием.
- Считывания последовательности объединяются в контиги с помощью программного обеспечения для сборки.
- Процесс повторяется для определения последовательности всей хромосомы.
-
Секвенирование “сверху вниз”
- Контиги формируются из перекрывающихся клонов, формирующих физическую карту генома.
- Клоны используются для секвенирования и сборки генома.
- Промежутки между контигами заполняются различными методами, включая ПЦР-амплификацию и клонирование BAC.
-
Построение контигов BAC
- Контиги BAC создаются путем выравнивания областей BAC с известным перекрытием.
- Используются методы картирования содержимого сайтов с последовательностями и анализа фрагментов рестрикционного дайджеста.
- Промежутки между контигами заполняются с помощью последовательности концов контигов или праймеров.