Моделирование биологических систем

• Основы моделирования биологических систем

  • Системная биология и математическая биология используют компьютерное моделирование для изучения биологических систем. 
  • Моделирование включает клеточные подсистемы, такие как метаболические сети и генные регуляторные сети. 

• Неожиданные свойства сложных систем

  • Сложные системы могут демонстрировать новые свойства, возникающие из взаимодействия компонентов. 

• Традиционные методы изучения биологических систем

  • Традиционные методы упрощают сбор данных, группируя их по категориям. 

• Стандарты и языки разметки

  • SBML является широко принятым форматом для обмена моделями в системной биологии. 
  • Существуют другие языки разметки, такие как BioPAX и CellML, с разными акцентами. 

• Задачи моделирования

  • Создание клеточной модели является сложной задачей, включающей моделирование множества клеточных подсистем. 
  • Моделирование внутриклеточной передачи сигналов и мембранных вычислений являются важными задачами. 

• Моделирование многоклеточных организмов

  • Проект OpenWorm занимается разработкой моделей многоклеточных организмов, включая C. elegans. 

• Предсказание структуры белка

  • Предсказание структуры белка является важной целью в биоинформатике и теоретической химии. 
  • Эксперимент CASP оценивает эффективность существующих методов предсказания структуры белка каждые два года. 

• Моделирование биологических систем человека

  • Проект Blue Brain направлен на создание синтетического мозга, а проект «Человеческий мозг» является его продолжением. 
  • Проект «Виртуальная печень» представляет собой математическую модель печени, финансируемую правительством Германии. 

• Модели иммунной системы

  • За последнее десятилетие появилось множество моделей иммунной системы. 

• Экологические модели

  • Математические представления экосистем упрощают сложные пищевые сети. 
  • Модели в экотоксикологии помогают понять и прогнозировать последствия воздействия токсикантов на окружающую среду. 

• Моделирование инфекционных заболеваний

  • Математическое моделирование инфекционных заболеваний помогает предсказать исход эпидемий и эффективность вакцинации. 

• Визуализация биологических данных

  • Визуализация данных является важным инструментом для понимания сложных биологических систем. 

• Биосимуляция и программное обеспечение

  • Биосимуляция и программное обеспечение для молекулярного моделирования используются для создания точных моделей биологических систем. 

• Рекомендации и источники

  • В статье приведены ссылки на дополнительные ресурсы и источники для углубленного изучения моделирования биологических систем.