Рибовыключатель
-
Определение и функции рибопереключателей
- Рибопереключатели связывают небольшие молекулы, изменяя выработку белков.
- мРНК с рибопереключателем регулирует свою активность в зависимости от концентрации эффекторной молекулы.
-
История и открытия
- Рибопереключатели были открыты в 2002 году.
- Первые доказательства существования рибопереключателей включали анализы беспротеинового связывания.
- Рибопереключатели признаны новым механизмом регуляции генов.
-
Механизмы действия
- Рибопереключатели делятся на аптамер и платформу экспрессии.
- Аптамер связывает молекулу, платформа экспрессии регулирует экспрессию генов.
- Рибопереключатели могут отключать или включать экспрессию генов.
-
Типы рибопереключателей
- Рибопереключатель кобаламина регулирует биосинтез и транспорт кобаламина.
- Циклические рибопереключатели di-GMP регулируют множество генов.
- Фторидные рибопереключатели помогают выдерживать высокие уровни фтора.
- Рибопереключатель FMN регулирует биосинтез и транспорт рибофлавина.
- glmS расщепляется при наличии глюкозамин-6-фосфата.
- Глютаминовые рибопереключатели регулируют метаболизм глютамина и азота.
- Рибопереключатель глицина регулирует метаболизм глицина.
- Лизиновый рибопереключатель регулирует биосинтез, катаболизм и транспорт лизина.
- Марганец и никель-кобальтовые рибопереключатели связывают ионы металлов.
- Рибопереключатели PreQ1 регулируют синтез и транспортировку пре-квеозина.
- Пуриновые рибопереключатели регулируют метаболизм и транспортировку пуринов.
- Рибопереключатели SAH регулируют утилизацию S-аденозилгомоцистеина.
- Рибопереключатели SAM регулируют биосинтез и транспорт метионина и SAM.
- Тетрагидрофолатные рибопереключатели регулируют синтез и транспорт генов.
-
Рибопереключатели TPP
- Связывают пирофосфат тиамина (TPP)
- Регулируют биосинтез и транспорт тиамина
- Единственный рибопереключатель у эукариот
-
Рибопереключатели ZMP/ZTP
- Распознают ZMP и ZTP
- Регулируют метаболизм пуринов de novo
-
Предполагаемые рибопереключатели
- Мотив Моко-РНК связывает кофактор молибдена
- Регулируют гены, участвующие в биосинтезе и транспортировке молибдена
-
Кандидаты на рибопереключатели
- РНК-мотив CrCb, manA, pfl, ydaO/yuaA, yjdF, ykkC-yxkD, yybP-ykoY
- Функции неизвестны
-
Вычислительные модели
- Искатели генов-рибопереключателей: Infernal, RibEx, RiboSW
- Предикторы конформационного переключения: paRNAss, RNAshapes, RNAbor
- Инструмент SwiSpot охватывает обе группы
-
Гипотеза о мире РНК
- Рибопереключатели связывают небольшие молекулы
- Подтверждают гипотезу о мире РНК
- Некоторые рибопереключатели могут быть древними регуляторными системами
-
Рибопереключатели как мишени для антибиотиков
- Некоторые антибиотики воздействуют на рибопереключатели
- Пиритиаминпирофосфат активирует рибопереключатель TPP, убивая клетку
-
Сконструированные рибопереключатели
- Интерес к разработке искусственных рибопереключателей
- Применение в промышленности и медицине, например, генная терапия
-
РНК-термометр
- Регуляторные сегменты мРНК, меняющие конформацию в ответ на температуру