Анализ последовательности

• Основы анализа последовательностей

  • Анализ последовательностей включает изучение структуры и функций молекул, таких как белки и РНК. 
  • Секвенирование ДНК и РНК позволяет идентифицировать последовательности нуклеотидов и рибонуклеотидов. 

• Методы секвенирования

  • Секвенирование ДНК включает методы, такие как Sanger, Roche 454, Illumina и другие. 
  • Секвенирование РНК включает методы, такие как секвенирование РНК-библиотек и метод секвенирования РНК-РНК. 

• Анализ экспрессии генов

  • Анализ экспрессии генов включает количественную оценку уровней экспрессии генов. 
  • Статистические методы, такие как DESeq2, используются для выявления дифференциально экспрессируемых генов. 

• Анализ белковых последовательностей

  • Анализ протеомных последовательностей включает изучение структуры белков и их функций. 
  • Методы масс-спектрометрии используются для идентификации пептидов и количественной оценки белков. 

• Браузеры генома

  • Браузеры генома предоставляют удобный интерфейс для визуализации и анализа геномных данных. 
  • Основные браузеры включают Ensembl, UCSC и NCBI. 

• Выравнивание последовательностей

  • Выравнивание последовательностей используется для сравнения и сопоставления сходных последовательностей. 
  • Алгоритмы Нидлмана-Вунша и Смита-Уотермана применяются для парного и множественного выравнивания. 

• Сравнение профилей

  • Методы сравнения профилей используются для выявления сходства между белками. 
  • Профили могут быть использованы для поиска связанных последовательностей. 

• Сборка последовательности

  • Сборка последовательности включает реконструкцию геномной ДНК путем слияния фрагментов. 
  • Метагеномика изучает микробные сообщества из окружающей среды. 

• Генное предсказание

  • Генное предсказание включает идентификацию генов, кодирующих белки и РНК. 
  • Методы включают статистический анализ и поиск гомологичных последовательностей. 

• Предсказание структуры белка

  • Предсказание структуры белка основано на анализе аминокислотных остатков и гомологов. 
  • Конкурс CASP оценивает эффективность методов предсказания структуры белка. 

• Вычислительные подходы

  • Для анализа последовательностей используются методы, такие как динамическое программирование и искусственные нейронные сети.