Балтиморская классификация
-
Балтиморская классификация вирусов
- Система классификации вирусов на основе синтеза мРНК
- Включает семь групп, учитывающих структуру генома и смысл одноцепочечного РНК
- Основана на транскрипции и репликации генома
-
Группы вирусов
- Группа I: вирусы с двухцепочечной ДНК
- Группа II: вирусы с одноцепочечной ДНК
- Группа III: двухцепочечные РНК-вирусы
- Группа IV: одноцепочечные РНК-вирусы с положительным смыслом
- Группа V: одноцепочечные РНК-вирусы с отрицательной чувствительностью
- Группа VI: одноцепочечные РНК-вирусы с промежуточной ДНК
- Группа VII: вирусы с двухцепочечной ДНК и промежуточной РНК
-
ДНК-вирусы
- Включают вирусы с двухцепочечной ДНК (дцДНК) и одноцепочечной ДНК (оцДНК)
- дцДНК-вирусы делятся на четыре области: Аднавирия, Дуплоднавирия, Моноднавирия и Вариднавирия
- оцДНК-вирусы имеют кольцевые геномы и реплицируются с помощью rolling circle replication или rolling hairpin replication
-
РНК-вирусы
- Геномы состоят из рибонуклеиновой кислоты (РНК)
- Включают вирусы с двухцепочечной РНК (дцРНК), одноцепочечной РНК положительного смысла (+оцРНК) и одноцепочечной РНК отрицательного смысла (-оцРНК)
-
Классификация РНК-вирусов
- Большинство РНК-вирусов относятся к королевству Orthornavirae и области Riboviria.
- Вироиды и субвирусные агенты, такие как вирус гепатита D, относятся к области рибозивирии.
-
Группа III: двухцепочечные РНК-вирусы
- Вирусы с двухцепочечным РНК-геномом (дцРНК) транскрибируются в мРНК с отрицательной цепи.
- мРНК может быть использована для трансляции или репликации.
- дцРНК не вырабатывается клетками, поэтому вирусы с дцРНК часто содержат капсиды.
- Вирусы с дцРНК подразделяются на два типа: Duplornaviricota и Pisuviricota.
-
Группа IV: одноцепочечные РНК-вирусы с положительным смыслом
- Вирусы с положительным геномом одноцепочечной РНК (+ssRNA) функционируют как мРНК.
- +ssRNA-вирусы продуцируют позитивные смысловые копии генома из негативных смысловых цепей дцРНК.
- Вирусы +ssRNA реплицируются в связанных с мембраной везикулах.
- +ssRNA-вирусы включены в три типа: Lenarviricota, Pisuviricota и Kitrinoviricota.
-
Группа V: одноцепочечные РНК-вирусы с отрицательной чувствительностью
- Вирусы с негативным геномом одноцепочечной РНК (-ssRNA) транскрибируются непосредственно из генома.
- RdRp может использовать захват cap или полимеразное запинание для синтеза мРНК.
- ssRNA-вирусы классифицируются по типу Negarnaviricota.
-
Вирусы обратной транскрипции
- Вирусы с обратной транскрипцией имеют геномы из ДНК или РНК и реплицируются посредством обратной транскрипции.
- Вирусы ssRNA-RT имеют одноцепочечный РНК-геном с промежуточной ДНК.
- Вирусы dsDNA-RT имеют двухцепочечный ДНК-геном с промежуточной РНК.
- Вирусы с обратной транскрипцией классифицируются в королевстве Парарнавирия и рибовирия.
-
Альтернативный сплайсинг у вирусов
- Используется для получения множества белков из одной цепи пре-мРНК
- Регулирует раннюю и позднюю экспрессию генов
- Предотвращает синтез противовирусных белков
-
Сегментация генома
- Вирусы могут иметь моносоставной или многосоставной геном
- Моносоставные вирусы имеют все гены в одном сегменте
- Многосоставные вирусы упаковывают геном в один вирион
-
Диапазон хостов
- Прокариотические вирусы в основном с дцДНК, эукариотические вирусы в основном РНК-вирусы
- dsDNA-вирусы инфицируют прокариот, ssDNA-вирусы встречаются во всех трех областях жизни
- dsRNA-вирусы и +ssRNA-вирусы в основном у эукариот, -ssRNA-вирусы и вирусы с обратной транскрипцией только у эукариот
-
Линейные и кольцевые геномы
- Вирусные геномы могут быть линейными или кольцевыми
- Линейные геномы у РНК-вирусов и вирусов с оцРНК-ОТ, кольцевые у вирусов с дцДНК-ОТ
-
Редактирование РНК
- Используется для получения различных белков из одного гена
- Включает проскальзывание полимеразы и посттранскрипционное редактирование
- Улучшает способность адаптироваться к хозяевам
-
Перевод
- Вирусы используют различные атипичные типы трансляции
- Вирусная инициация трансляции, незащищенное сканирование, рибосомное шунтирование, терминация-повторная инициация, рибосомный сдвиг рамок, подавление терминации, рибосомный пропуск
-
История Балтиморской классификации
- Предложена в 1971 году Дэвидом Балтимором
- Включает семь групп, позже расширена до семи
- Используется наряду со стандартной таксономией вирусов
-
Современные таксономические изменения
- В 2016 году ICTV начал рассматривать возможность установления рангов выше порядка
- В 2018 и 2019 годах установлена 15-ранговая система
- РНК-вирусы и RT-вирусы включены в официальные таксоны
- ДНК-вирусы распределены по четырем областям