BLAST (биотехнология)
-
Основы BLAST
- BLAST — это алгоритм для поиска сходства между последовательностями.
- Он был разработан в 1990 году и используется для сравнения последовательностей ДНК и белков.
- BLAST основан на алгоритме Смита-Уотермана, но имеет эвристический подход для ускорения поиска.
-
История и развитие BLAST
- BLAST был разработан в 1990 году группой ученых из Института Санта-Фе.
- Он быстро стал популярным и был адаптирован для различных платформ и языков программирования.
- BLAST был улучшен и расширен, включая версии BLASTn, tBLASTn, BLASTx, BLASTp и другие.
-
Методы BLAST
- BLASTn сравнивает нуклеотидные последовательности с базой данных или другими последовательностями.
- tBLASTn ищет белки в последовательностях, которые не были переведены в белки.
- BLASTx сравнивает запросные последовательности с базами данных известных белковых последовательностей.
- BLASTp используется для сравнения белковых последовательностей.
-
Параллельный BLAST
- Существуют параллельные версии BLAST, которые используют MPI и Pthreads для ускорения поиска.
- MPIblast использует сегментацию базы данных для ускорения поиска в кластерах.
- Существуют альтернативные программы, такие как FASTA, BLAT, BWA, SOAP, Bowtie и другие, которые специализируются на определенных задачах.
-
Сравнение с алгоритмом Смита-Уотермана
- BLAST и алгоритм Смита-Уотермана имеют различия в точности и скорости поиска.
- BLAST пропускает некоторые совпадения, которые могут быть найдены алгоритмом Смита-Уотермана.
-
Визуализация результатов BLAST
- Существует программное обеспечение для визуализации результатов BLAST, включая JAMBLAST и Blast Viewer.
-
Использование BLAST
- BLAST используется для идентификации видов, определения местоположения доменов, установления филогении и других задач.
-
Ссылки и ресурсы
- Статья содержит ссылки на официальный веб-сайт BLAST и другие ресурсы.
- Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.