CRAM (формат файла)

От / / Оставьте комментарий

Оглавление1 CRAM (формат файла)1.1 Обзор формата CRAM1.2 Структура файла CRAM1.3 Выборочный доступ и декодирование1.4 История и развитие1.5 Связанные форматы и […]

Bioinformatics, Biological sequence format, Science and technology in Cambridgeshire, South Cambridgeshire District, Биоинформатика, Наука и технологии в Кембриджшире, Формат биологической последовательности, Южный Кембриджширский округ

CRAM (формат файла)

  • Обзор формата CRAM

    • CRAM – это сжатый формат файла для хранения выровненных последовательностей. 
    • Разработан для экономии места на диске за счет использования геномной ссылки. 
    • Файлы CRAM на 30-60% меньше по размеру, чем файлы BAM. 

  • Структура файла CRAM

    • Файл CRAM состоит из серии контейнеров, содержащих сжатый заголовок SAM и фрагменты выравнивания. 
    • Каждый контейнер содержит заголовок сжатия, который определяет кодировку и метаданные. 
    • Разделение данных на блоки улучшает сжатие и позволяет выборочное декодирование. 

  • Выборочный доступ и декодирование

    • Индекс файла CRAM позволяет выборочно декодировать определенные области данных. 
    • Заголовок сжатия позволяет пропускать ненужные ряды данных для частичного декодирования. 

  • История и развитие

    • Версия CRAM 4.0 находится в стадии прототипа и еще не принята в качестве стандарта. 

  • Связанные форматы и рекомендации

    • CRAM сравнивается с форматами SAM и BAM. 
    • Упоминаются другие форматы файлов для молекулярной биологии. 

Полный текст статьи:

CRAM (формат файла)

Похожие статьи:

  1. SAM (формат файла) Оглавление1 SAM (формат файла)1.1 История и разработка формата SAM1.2 Структура и особенности формата SAM1.3 Описание разделов...
  2. SAMtools Оглавление1 Самодельные инструменты1.1 Обзор SAMtools1.2 Использование и команды SAMtools1.3 Примеры команд SAMtools1.4 Дополнительные ресурсы1.5 Полный текст...
  3. CRAM НКР Оглавление1 NCR ВТИСКИВАЕТСЯ1.1 История и особенности CRAM1.2 Технология и эксплуатация1.3 Проблемы и решения1.4 Применение и развитие1.5...
  4. MP3 Оглавление1 MP3-файл1.1 История и разработка MP31.2 Принцип работы MP31.3 Предшественники и развитие1.4 Влияние и популярность1.5 Разработка...
  5. Формат файла BMP Оглавление1 Формат файла BMP1.1 Основы растровых изображений1.2 Структура файла BMP1.3 Формат пикселей1.4 Сжатие изображений1.5 Использование формата...
  6. Формат файла изображения Оглавление1 Формат файла изображения1.1 Обзор форматов графических файлов1.2 Растровые форматы1.3 Векторные форматы1.4 Составные форматы1.5 Стереоформаты1.6 Полный...
  7. Формат файла изображения Оглавление1 Формат файла изображения1.1 Обзор форматов графических файлов1.2 Растровые форматы1.3 Векторные форматы1.4 Составные форматы1.5 Стереоформаты1.6 Полный...
  8. Семинар по прикладной математике – Википедия Оглавление1 Семинар по прикладной математике1.1 История и структура SAM1.2 Миссия и задачи SAM1.3 Рекомендации и внешние...
  9. Сжатие без потерь Оглавление1 Сжатие без потерь1.1 Обзор алгоритмов сжатия без потерь1.2 История и развитие1.3 Сравнение с потерями1.4 Практическое...
  10. Формат файла Оглавление1 Формат файла1.1 Идентификация форматов файлов1.2 Ключевые слова и расширения имен файлов1.3 Уникальные идентификаторы1.4 Типы MIME1.5...
  11. Формат файла Au Оглавление1 Формат файла Au1.1 Формат файла Au1.2 Кодирование и интерфейс1.3 Новый формат1.4 Рекомендации и внешние ссылки1.5...
  12. JAR (формат файла) Оглавление1 JAR (формат файла)1.1 Основы JAR-файлов1.2 Дизайн и функциональность1.3 Извлечение и безопасность1.4 Исполняемые JAR-файлы1.5 Манифест и...
  13. PLY (формат файла) Оглавление1 СЛОЙ (формат файла)1.1 Формат файла PLY1.2 Структура файла1.3 Типы данных и свойства1.4 История и развитие1.5...
  14. Бинарное угловое измерение Двоичное угловое измерение Двоичное угловое измерение (BAM) использует двоичные числа и арифметику с фиксированной запятой для...
  15. индексный дескриптор Оглавление1 Индексный индекс1.1 Основы индексных индексов1.2 Структура индексного индекса1.3 Функции индексных индексов1.4 Преимущества индексных индексов1.5 Недостатки...
  16. Формат файла обмена ресурсами Оглавление1 Формат файла обмена ресурсами1.1 Формат файла обмена ресурсами (RIFF)1.2 История и реализация1.3 Объяснение формата1.4 RF64...
  17. Веб-формат дизайна Оглавление1 Дизайн веб-формата1.1 Обзор формата DWF1.2 Преимущества DWF1.3 Технология DWF1.4 Обзор дизайна Autodesk1.5 Пишущий файл DWF1.6...
  18. Модель памяти Аткинсона–Шиффрин Оглавление1 Модель памяти Аткинсона–Шиффрина1.1 Обзор модели Аткинсона-Шиффрина1.2 Критика и модификации модели1.3 Модель “поиска ассоциативной памяти” (SAM)1.4...
  19. Собственный формат файла Оглавление1 Фирменный формат файла1.1 Определение проприетарного формата файла1.2 Различия между открытыми и закрытыми форматами1.3 Правовые аспекты...
  20. Формат FASTQ Оглавление1 Формат FASTQ1.1 Основы формата FASTQ1.2 Структура файла FASTQ1.3 Эволюция формата FASTQ1.4 Цветовое пространство CSFASTQ1.5 Эволюция...
  21. Файл Wavefront .obj Оглавление1 Файл Wavefront .obj1.1 Обзор формата файла Wavefront OBJ1.2 Структура файла OBJ1.3 Дополнительные элементы и форматы1.4...
  22. LHA (формат файла) Оглавление1 LHA (формат файла)1.1 История и использование LHA1.2 Методы сжатия и расширения1.3 Проблемы и рекомендации1.4 Дополнительные...

Оставьте комментарий

Прокрутить вверх