Оглавление
Деградация Эдмана
-
Метод деградации по Эдману
- Разработан Pehr Edman для секвенирования аминокислот в пептидах
- Аминоконцевой остаток мечется и отщепляется без нарушения пептидных связей
-
Механизм реакции
- Фенилизотиоцианат взаимодействует с N-концевой аминогруппой в слабощелочных условиях
- В кислых условиях производное расщепляется в тиазолинон
- Тиазолинон экстрагируется органическим растворителем и обрабатывается кислотой
- Образуется фенилтиогидантоин (ПТГ), который можно идентифицировать хроматографией или электрофорезом
- Процедура повторяется для идентификации следующей аминокислоты
-
Ограничения метода
- Пептиды не могут содержать более 50-60 остатков
- Длина пептида ограничена из-за неполной циклической дериватизации
- Проблема решается расщеплением крупных пептидов на более мелкие
- Метод точно секвенирует до 30 аминокислот с эффективностью более 99%
-
Преимущества метода
- Используется всего 10-100 пикомолей пептида
- Реакция автоматизирована в 1967 году Эдманом и Беггсом
- К 1973 году использовалось 100 автоматизированных устройств
-
Ограничения для N-концевых модификаций
- Метод не работает с химически модифицированными N-концами
- Секвенирование останавливается при обнаружении не-α-аминокислот
- Метод не подходит для определения положения дисульфидных мостиков
- Требуется количество пептидов от 1 пикомоля для заметных результатов
-
Связанный анализ
- После просмотра PAGE 2D SDS белки переносятся на мембрану PVDF для анализа
- Разложение по методу Edman может производиться на мембране PVDF
- Секвенирования N-концевых остатков достаточно для идентификации POI