Древо жизни (биология)
-
История древа жизни
- Древо жизни — метафора, используемая для изучения эволюции жизни.
- Древовидные диаграммы возникли в средневековье для представления генеалогических связей.
- Филогенетические древовидные диаграммы появились в середине XIX века.
-
Ранние попытки
- Огюстен Ожье создал “Ботаническое дерево” в 1801 году, но оно не включало эволюционных аспектов.
- Жан-Батист Ламарк включил схему ветвления видов животных в свою “Зоологическую философию” в 1809 году.
- Эдвард Хичкок опубликовал первую древовидную палеонтологическую карту в 1840 году.
-
Дарвин и его вклад
- Чарльз Дарвин использовал метафору древа жизни для концептуализации своей теории эволюции.
- В книге “О происхождении видов” он представил абстрактную диаграмму части временного древа.
- Дарвин использовал древо жизни для иллюстрации взаимосвязи происхождения организмов и их успехов и неудач.
-
Геккель и его вклад
- Эрнст Геккель построил несколько древ жизни, включая “Древесную жизнь” в 1866 году.
- Его “Родословная человека” 1879 года прослеживает все формы жизни до Монеры и помещает человека на вершину древа.
-
История древа жизни
- В 1990 году Карл Везе, Отто Кандлер и Марк Уиллис предложили новое древо жизни, состоящее из трех доменов: бактерии, археи и эукарии.
- Это было первое древо, основанное на молекулярной филогенетике и эволюции микроорганизмов.
-
Эволюция древа жизни
- Модель дерева по-прежнему считается приемлемой для эукариотических форм жизни.
- Были предложены деревья с четырьмя или двумя супергруппами, но консенсуса пока нет.
- В 2015 году была выпущена третья версия TimeTree, содержащая 2274 исследования и 50 632 вида.
- В 2016 году было опубликовано новое древо жизни, обобщающее эволюцию всех известных форм жизни.
-
Горизонтальный перенос генов и укоренение древа жизни
- Прокариоты и некоторые животные свободно передают генетическую информацию путем горизонтального переноса генов.
- Это вызывает вариации, не связанные с вертикальным переносом, и усложняет древо жизни.
- Некорневые филогенетические сети не являются истинными эволюционными деревьями, так как им нужен корень.
-
Круговое древо жизни Хеджеса и Кумара
- В 2015 году Хеджес и др. составили спиральную хронологию жизни 50 632 видов.
- Сюжет “Древа жизни” Дэвида Хиллиса 2008 года основан на полностью секвенированных геномах.
- Метагеномное представление древа жизни 2016 года использует последовательности рибосомных белков.
-
Дополнительные ресурсы
- Веб-проект “Древо жизни” позволяет интерактивно изучать полное филогенетическое древо.
- “Древо жизни” Гарретта Неске представляет собой интерактивное древо, позволяющее исследовать взаимосвязи между видами.
- Зеленое древо жизни – Гиперболическое дерево Калифорнийского университета / Гербарий Джепсона.
- Общее дерево таксономической базы данных NCBI.
- Исследователь древа жизни OneZoom.