Оглавление
Филогенетическое распределение названных линий распространения глобальных вспышек
-
Описание инструмента PANGOLIN
- PANGOLIN – это программный инструмент для классификации генетических линий SARS-CoV-2.
- Он использует динамическую номенклатуру Pango для присвоения родословных генетическим линиям.
- Инструмент позволяет сравнивать последовательности генома и присваивать наиболее вероятную родословную.
-
Контекст и использование
- PANGOLIN является ключевым компонентом системы номенклатуры панго.
- Он используется для отслеживания распространения вируса и эпидемиологических событий.
- Во время пандемии COVID-19 инструмент и система Pango широко применялись.
-
Описание системы Pango
- Линии панго обновляются вручную на основе эпидемиологической информации.
- Новые линии определяются вручную и могут быть предложены через GitHub.
-
Модельное обучение и назначение родословной
- Модель машинного обучения pangoLEARN использует обработанные вручную данные для присвоения родословных.
- С версии 2.0 инструмент использует алгоритм машинного обучения вместо максимального правдоподобия.
-
Доступность и разработчики
- PANGOLIN доступен как инструмент командной строки и веб-приложение.
- Веб-приложение присвоило более 512 000 уникальных последовательностей.
- Основные разработчики включают Айн О’Тул, Эмили Шер и других из лаборатории Эндрю Рамбо.
-
Ссылки и дополнительные ресурсы
- Ссылки на разговорные названия вариантов COVID-19, варианты SARS-CoV-2 и другие инструменты.
- Официальный веб-сайт и GitHub для инструмента и системы Pango.