Филогенетическое древо
-
Определение филогенетического дерева
- Филогенетическое дерево — это графическое представление эволюционной истории таксонов.
- Оно отображает родственные связи между видами, основываясь на сходстве их генетического материала.
-
Типы филогенетических деревьев
- Классическое филогенетическое дерево изображает эволюцию в виде ветвящегося дерева.
- Филогенетические сети представляют собой более общий граф, который преодолевает ограничения деревьев.
- Веретенообразные диаграммы, или пузырьковые диаграммы, могут быть использованы для отображения разнообразия таксонов во времени.
-
Методы построения филогенетических деревьев
- Методы включают матричные расстояния, такие как UPGMA, и методы, основанные на эволюционной модели, например, максимальное правдоподобие.
- Эвристические методы используются для оценки деревьев на основе различных критериев.
-
Ограничения филогенетического анализа
- Деревья, основанные на секвенированных генах, могут быть неточными и могут быть фальсифицированы.
- Анализ может быть затруднен из-за генетической рекомбинации, горизонтального переноса генов и других факторов.
- Для избежания гомоплазии (ложной гомологии) рекомендуется использовать комбинацию генов из разных источников.
-
Филогенетические сети
- Филогенетические сети используются для более сложных эволюционных историй.
-
Филогенетические базы данных и программное обеспечение
- Существуют специализированные базы данных и программное обеспечение для визуализации и анализа филогенетических деревьев.
-
Филогенетические изображения и проекты
- Представлены примеры филогенетических изображений и проектов, включая интерактивные и фрактальные визуализации.
-
Филограммы и филограммы
- Филограммы и филограммы используются для отображения эволюционной истории таксонов в виде графиков.
-
Филогенетические методы и инструменты
- Описаны различные методы и инструменты для филогенетического анализа, включая визуализацию и программное обеспечение.