Галстук-бабочка (анализ последовательности)
-
Обзор программного пакета Bowtie
- Bowtie — это инструмент для выравнивания последовательностей в биоинформатике.
- Исходный код Bowtie доступен бесплатно, а двоичные файлы доступны для различных операционных систем.
- Статья по биологии генома, описывающая Bowtie, была процитирована более 11 000 раз.
-
История и разработка
- Bowtie был разработан Беном Лэнгмидом и его коллегами в 2009 году в Университете Мэриленда.
- Bowtie предназначен для выравнивания коротких последовательностей и больших эталонных геномов.
-
Особенности и преимущества
- Bowtie известен своей сверхбыстрой работой и экономией памяти.
- Улучшение скорости работы достигается за счет использования преобразования Берроуза-Уилера.
- Bowtie проводит тщательный поиск, учитывая требования к качеству выравнивания.
-
Применение и развитие
- Bowtie используется в различных биоинформатических алгоритмах, включая TopHat и CummeRbund Bioconductor.
- В 2011 году была выпущена бета-версия Bowtie 2, которая использует FM-индекс для уменьшения объема памяти.
- Bowtie 2 подходит для выравнивания длинных последовательностей с зазорами и не имеет верхнего ограничения на длину считывания.
-
Рекомендации и ресурсы
- Ссылки на Bowtie и Bowtie 2 доступны на SourceForge.