Геномный проект
-
Геномные проекты
- Определение полной последовательности генома организма
- Аннотирование генов и других важных функций
-
Сборка генома
- Процесс взятия коротких последовательностей ДНК и их сборки
- Автоматические секвенирующие машины считывают фрагменты ДНК
- Алгоритм сборки выравнивает фрагменты и объединяет перекрывающиеся чтения
- Сборка генома сложна из-за повторов в геноме
-
Программное обеспечение для сборки
- Первоначально разрабатывалось собственное ПО
- Современные пакеты, такие как assembler от BGI, упрощают процесс
-
Аннотация к геному
- Идентификация биологической информации с последовательностями
- Определение местоположения генов и их функций
-
Время завершения работ
- Секвенирование генома редко бывает завершенным
- Возможны ошибки из-за неточности секвенирования
- Полный геномный проект включает митохондрии и хлоропласты
-
Исторические и технологические перспективы
- Исторически секвенирование начиналось с карты генома
- Современные технологии позволяют секвенировать геномы за один раз
- Стоимость секвенирования снижается, геномы секвенируются быстрее
-
Примеры геномных проектов
- Проект «Геном человека»
- Геномные проекты для других организмов, таких как шимпанзе, корова, лошадь
-
Организации и ресурсы
- Объединенный институт генома
- Illumina, Knome, другие компании
- Базы данных и утилиты для анализа геномов