ХММЕР
-
Обзор программного пакета HMMER
- HMMER — бесплатный инструмент для анализа последовательностей, разработанный Шоном Эдди.
- Используется для идентификации гомологичных белков и нуклеотидов, а также для выравнивания последовательностей.
-
Методы и функции HMMER
- Профиль-HMM создается на основе множественного выравнивания с использованием программы hmmbuild.
- Профиль-HMM фокусируется на конкретных позициях в выравнивании, что повышает точность обнаружения гомологичных последовательностей.
- HMMER3 ускоряет поиск за счет эвристического фильтра и логарифмической модели правдоподобия.
-
Программы в пакете HMMER
- Включают программы для построения профилей HMM, поиска гомологии, выравнивания последовательностей и другие специализированные функции.
-
Веб-сервер HMMER
- Предлагает поиск по базам данных последовательностей и HMM, с поддержкой различных типов поиска.
- Управляется Европейским институтом биоинформатики, с разработкой алгоритма, продолжаемой командой Шона Эдди.
-
Выпуск HMMER3
- HMMER3 — последняя стабильная версия с улучшениями в скорости поиска и удаленном поиске гомологий.
- Включает инструменты для сравнения ДНК, но не поддерживает глобальное выравнивание.
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на другие реализации методов оценки профиля и матрицы оценки для конкретной позиции.
- Рекомендации и внешние ссылки, включая официальный веб-сайт и объявление о выпуске HMMER3.