ХММЕР

• Обзор программного пакета HMMER

  • HMMER – бесплатный инструмент для анализа последовательностей, разработанный Шоном Эдди. 
  • Используется для идентификации гомологичных белков и нуклеотидов, а также для выравнивания последовательностей. 

• Методы и функции HMMER

  • Профиль-HMM создается на основе множественного выравнивания с использованием программы hmmbuild. 
  • Профиль-HMM фокусируется на конкретных позициях в выравнивании, что повышает точность обнаружения гомологичных последовательностей. 
  • HMMER3 ускоряет поиск за счет эвристического фильтра и логарифмической модели правдоподобия. 

• Программы в пакете HMMER

  • Включают программы для построения профилей HMM, поиска гомологии, выравнивания последовательностей и другие специализированные функции. 

• Веб-сервер HMMER

  • Предлагает поиск по базам данных последовательностей и HMM, с поддержкой различных типов поиска. 
  • Управляется Европейским институтом биоинформатики, с разработкой алгоритма, продолжаемой командой Шона Эдди. 

• Выпуск HMMER3

  • HMMER3 – последняя стабильная версия с улучшениями в скорости поиска и удаленном поиске гомологий. 
  • Включает инструменты для сравнения ДНК, но не поддерживает глобальное выравнивание. 

• Дополнительные ресурсы

  • Ссылки на другие реализации методов оценки профиля и матрицы оценки для конкретной позиции. 
  • Рекомендации и внешние ссылки, включая официальный веб-сайт и объявление о выпуске HMMER3.