IMOD (программное обеспечение)
-
Обзор пакета программ IMOD
- IMOD — кроссплатформенный пакет для моделирования и обработки изображений с открытым исходным кодом.
- Используется для 3D-реконструкции и моделирования микроскопических изображений, включая данные электронной микроскопии.
- Применяется в различных областях, от макромолекулярных структур до клеток и целых клеток.
- Включает инструменты для реконструкции, сегментации, моделирования и анализа 2D и 3D данных.
-
История и разработка
- Разработан в лаборатории Боулдера для трехмерной электронной микроскопии клеток.
- Первый релиз в 1995 году, доступен для бесплатного использования.
-
Основные программы
- Включает более 180 командных строк и три основные программы с графическим интерфейсом.
- 3dmod — основной интерфейс для просмотра и сегментации изображений и векторных 3D-моделей.
- Midas — программа для выравнивания изображений, обычно после автоматической взаимной корреляции.
- eTomo — для реконструкции 3D-объемов, часто использует 3dmod и Midas для точных настроек.
-
Поддерживаемые форматы файлов
- Основной формат изображений — MRC, также поддерживает TIF и конвертацию между форматами.
- Векторные данные сохраняются в двоичном формате IMOD с расширением «.mod» или «.fid».
-
Основные характеристики
- Реконструкция одиночных и комбинированных двухосевых наклонных рядов.
- Автоматическое отслеживание и регистрация частиц для улучшения выравнивания.
- Параллельное выполнение реконструкции на нескольких станках.
- Объединение смонтированных наборов данных.
- Выравнивание и деформация изображений с помощью Midas.
- Автоматизированная реконструкция и пакетная обработка серий наклонов.
- Просмотр больших 3D-изображений по частям.
- Создание высококачественных видеороликов из фрагментов изображений и моделей.
- Пакет программ для автоматической сегментации.
- Инструменты для фильтрации и определения границ, разбиения объема на части.
- Автоматическое нанесение изоповерхности и преобразование изображений в контуры.
- Ручные и полуавтоматические инструменты для рисования и анализа микротрубочек.
- Анализ файлов моделей на количественную информацию и построение гистограмм.
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на статьи и руководства по использованию IMOD.
- Список бесплатных пакетов программного обеспечения с открытым исходным кодом и систем визуализации для микроскопии.
Полный текст статьи: