Оглавление
ИнтерПро
-
Основы InterPro
- InterPro – база данных для классификации белков, основанная на сигнатурах.
- Сигнатуры представляют собой модели, описывающие семейства, домены и сайты белков.
- Модели строятся на основе аминокислотных последовательностей известных белков.
-
Структура и функции InterPro
- InterPro состоит из трех основных компонентов: белков, сигнатур и записей.
- Белки в UniProtKB являются основой для определения сигнатур.
- Соответствие сигнатур белкам определяет их объединение в записи InterPro.
- Качество сигнатур должно быть достаточным для интеграции в базу данных.
-
Интеграция данных
- InterPro включает данные о сплайсинге и белках из UniParc и UniMES.
- Записи InterPro содержат аннотации к 73,9% остатков в UniProtKB и 9,2% к ожидаемым сигнатурам.
-
Доступ к данным
- InterPro доступна для поиска через веб-сервер и загрузки через анонимный FTP.
- База данных находится в открытом доступе и обновляется каждые 8 недель.
-
API и программное обеспечение
- InterPro предоставляет API для программного доступа к записям.
- InterProScan – программное обеспечение для проверки последовательностей на соответствие сигнатурам.
- InterProScan часто используется в геномных проектах.
-
Поддержка и дополнительные ресурсы
- InterPro поддерживается в 64-разрядной Linux.
- Доступ к InterProScan и другим инструментам EMBL-EBI возможен через RESTful и SOAP API.
-
Ссылки и дополнительные ресурсы
- Статья содержит ссылки на другие ресурсы, включая официальный сайт и семейство белков.