Оглавление
- 1 Координата реакции
- 1.1 Координата реакции в химии
- 1.2 Коллективные переменные в компьютерном моделировании
- 1.3 Пример использования коллективных переменных
- 1.4 Расширенные симуляции
- 1.5 Параметры порядка
- 1.6 Определение координат реакции
- 1.7 Отличие от степени протекания реакции
- 1.8 Связь с потенциальной энергией
- 1.9 Полный текст статьи:
- 2 Координата реакции
Координата реакции
-
Координата реакции в химии
- Абстрактная одномерная координата для представления хода реакции
- Обычно геометрический параметр, изменяющийся при преобразовании молекулярных образований
- Примеры: длина связи, угол соединения
-
Коллективные переменные в компьютерном моделировании
- Используются для целенаправленного подхода к выборке
- Позволяют фиксировать редкие события, которые невозможно реализовать за реалистичное время вычислений
- Коллективная переменная – набор переменных, объединенных в одну
-
Пример использования коллективных переменных
- Комплексообразование двух молекул: расстояние между ними является коллективной переменной
- Положения атомов являются индивидуальными переменными xi
- Координата реакции θ описывает путь ассоциации и диссоциации
-
Расширенные симуляции
- Применение смещения к совокупным переменным для направления моделирования к желаемому результату
- Специальные обобщенные переменные помогают отличать реагенты от продуктов
-
Параметры порядка
- Терминология возникла в работах по фазовым переходам
- Координаты реакции – специальные параметры порядка, описывающие путь от реагентов к продуктам
-
Определение координат реакции
- Могут быть определены с помощью интуитивно понятных переменных, таких как длины связей или вероятности расщепления
- Могут быть определены с помощью собственной функции, соответствующей переходу от реагента к продукту
-
Отличие от степени протекания реакции
- Координата реакции параметризует процесс на уровне молекулярных образований
- Степень протекания реакции измеряет ход реакции с точки зрения состава системы
-
Связь с потенциальной энергией
- Координата реакции часто сопоставляется с потенциальной энергией для демонстрации профиля реакции
- В теории переходных состояний координата реакции плавно переходит из одной конфигурации в другую
- Обычно выбирается путь, определяемый градиентом потенциальной энергии