Coot (программное обеспечение)
-
Описание программы Coot
- Программа Coot используется для отображения и манипулирования атомными моделями макромолекул.
- Применяется для построения и валидации моделей в картах электронной плотности.
- Поддерживает данные рентгеновской кристаллографии и электронной микроскопии.
-
Основные функции
- Отображение карт электронной плотности и атомных моделей.
- Манипулирование моделями: идеализация, уточнение, ручное вращение, подбор твердого тела, поиск лигандов, сольватация, мутации, ротамеры, идеализация Рамачандрана.
- Простота освоения для начинающих пользователей благодаря интуитивно понятному интерфейсу.
- Настраиваемые привязки клавиш, расширения и интерфейс сценариев для опытных пользователей.
-
Особенности
- Чтение файлов в форматах pdb, mmcif, Shelx.
- Поворачивание моделей в 3D и рассмотрение с любой точки зрения.
- Отображение электронной плотности с помощью 3D-сетки.
- Инструменты для построения и уточнения моделей, валидации моделей.
- Real space refinement engine для оптимизации соответствия модели электронной плотности.
-
Инструменты для построения моделей
- Режим C-alpha baton для построения основной цепочки белка.
- Зона Ca -> Основная цепь для преобразования начального следа альфа-атомов углерода.
- Расположите спираль здесь и цепочку здесь для приведения последовательности аминокислот в соответствие с плотностью.
- Идеальная ДНК/РНК для создания идеальной ДНК или фрагмента РНК.
- Найти лиганды для поиска и подгонки модели к молекулам.
-
Инструменты для перемещения атомов
- Зона уточнения в реальном пространстве для оптимизации соответствия модели электронной плотности.
- Регуляризация зоны для оптимизации стереохимии.
- Зона подгонки твердого тела для оптимизации подгонки твердого тела.
- Зона поворота/перемещения для ручного позиционирования твердого тела.
-
Инструменты ротамера и редактирования скручивания
- Ротамер автоматической подгонки и ручной подгонки.
- Мутация и автоподгонка, простая мутация.
- Редактирование углов скручивания, скручиваний основной цепи, общих скручиваний.
-
Инструменты для добавления атомов
- Найдите воду для добавления упорядоченных молекул растворителя.
- Добавление концевого остатка для удлинения белковой или нуклеотидной цепи.
- Добавьте альтернативную форму.
- Поместите атом в указатель.
-
Инструменты проверки подлинности
- График Рамачандрана для проверки углов скручивания белковой цепи.
- График Клейвегта для исследования различий между кручениями цепей.
- Неправильные хиральные объемы для проверки хиральных центров.
- Немоделированные сгустки для проверки электронной плотности.
- Пики на карте различий для проверки больших различий между наблюдаемой и расчетной плотностью.
- Проверьте/удалите воду для проверки молекул воды.
- Геометрический анализ для проверки длин соединений, углов и т.д.
- Пептидный омега-анализ для проверки неплоских пептидных связей.
- Анализ дисперсии температурного фактора.
- Выбросы B-фактора GLN и ASN.
- Анализ ротамеров для проверки необычных конформаций боковых цепей белков.
- Анализ соответствия плотности для определения частей модели, не соответствующих плотности.
- Столкновения зондов для проверки атомов водорода в неподходящем окружении.
- Различия в NCS для проверки общих различий между цепочками.
- Pukka puckers для проверки необычных конформаций ДНК/РНК.
-
Архитектура программы
- Основан на библиотеках Clipper и MMDB.
- Зависит от FFTW и научной библиотеки GNU.
- Большая часть функций доступна через скриптовый интерфейс на Python и Guile.
-
Отношение к CCP4mg
- CCP4mg использует общий код с Coot.
- CCP4mg занимается презентационной графикой и фильмами, Coot — созданием моделей и их валидацией.
-
Влияние на сообщество
- Coot обогнал такие пакеты, как «O», XtalView и Turbo Frodo.
- С 2004 года цитировался более чем в 25 000 научных статьях.