Оглавление [Скрыть]
- 1 Малая ядрышковая РНК
- 1.1 Малые ядрышковые РНК (snoRNA)
- 1.2 Модификации, управляемые snoRNA
- 1.3 сноРНП
- 1.4 C/D-бокс-snoRNA
- 1.5 H/ACA-бокс-snoRNA
- 1.6 Композитные snoRNA
- 1.7 Сиротские snoRNA
- 1.8 Влияние модификаций метилирования и псевдоуридилирования
- 1.9 Метод Nm-REP-seq
- 1.10 Функции snoRNA
- 1.11 Запечатленные локусы
- 1.12 Другие функции snoRNA
- 1.13 Примеры snoRNA
- 1.14 Полный текст статьи:
- 2 Малая ядрышковая РНК
Малая ядрышковая РНК
-
Малые ядрышковые РНК (snoRNA)
- Управляют химическими модификациями других РНК
- Включают C/D-бокс-snoRNA и H/ACA-бокс-snoRNA
- Не путать с направляющими РНК для редактирования РНК
-
Модификации, управляемые snoRNA
- Метилирование: присоединение метильной группы к рибозе
- Псевдоуридилирование: изомеризация уридина в псевдоуридин
- Зрелые рРНК человека содержат 95% модификаций
-
сноРНП
- Каждая snoRNA действует как направляющая для одной модификации
- Связывается с белками в snoRNP
- Содержит антисмысловой элемент для распознавания РНК-мишени
-
C/D-бокс-snoRNA
- Содержат мотивы C и D
- Ассоциируются с белками фибрилларином, NOP56, NOP58 и SNU13
- Не все C/D-бокс-snoRNA управляют метилированием
-
H/ACA-бокс-snoRNA
- Имеют структуру “шпилька-шарнир-шпилька-хвост”
- Ассоциируются с белками дискерином, GAR1, NHP2 и NOP10
- Участвуют в псевдоуридилировании
-
Композитные snoRNA
- Участвуют в метилировании и псевдоуридилировании
- Накапливаются в тельцах Кахаля
- Участвуют в модификации сплайсосомных РНК
-
Сиротские snoRNA
- Мишени для вновь идентифицированных snoRNA прогнозируются
- Некоторые snoRNA могут регулировать альтернативный сплайсинг
- SNORD90 может направлять модификации N6-метиладенозина
-
Влияние модификаций метилирования и псевдоуридилирования
- Модификации не являются существенными, но усиливают сворачивание РНК и взаимодействие с рибосомальными белками
- Локализуются в консервативных и функционально важных доменах зрелой РНК
-
Метод Nm-REP-seq
- Разработан для обогащения 2′-O-метилирования
- Использует РНК-экзорибонуклеазу MgR и реакцию периодатного окисления
-
Функции snoRNA
- snoRNA расположены в геноме по-разному
- Большинство генов snoRNA позвоночных закодированы в интронах генов, кодирующих белки рибосом
- snoRNAs могут транскрибироваться с их собственных промоторов
-
Запечатленные локусы
- В геноме человека есть примеры тандемных повторов C/D-бокс-snoRNA в импринтированных локусах
- Потеря 29 копий SNORD116 связана с синдромом Прадера-Вилли, увеличение количества копий SNORD115 связано с аутизмом
- Домен 14q32 имеет общие геномные особенности с импринтированными локусами 15q11-q13
-
Другие функции snoRNA
- snoRNA могут функционировать как микроРНК
- ACA45 человека процессируется в зрелую микроРНК длиной 21 нуклеотид
- snoRNA могут выполнять функции, не связанные с рРНК, такие как регуляция альтернативного сплайсинга
-
Примеры snoRNA
- TB11Cs4H1 управляет псевдоуридилированием рРНК LSU3 по остатку Ψ1357