Оглавление
- 1 Метаболом
- 1.1 Определение метаболома
- 1.2 История и происхождение термина
- 1.3 Методы измерения метаболома
- 1.4 Базы данных метаболома
- 1.5 База данных метаболома человека (HMDB)
- 1.6 База данных HMDB
- 1.7 Метаболомы биожидкостей человека
- 1.8 База данных по метаболизму дрожжей
- 1.9 База данных по метаболому кишечной палочки
- 1.10 Атлас метаболома стареющего мозга мыши
- 1.11 Кишечный метаболом
- 1.12 Полный текст статьи:
- 2 Метаболом – Arc.Ask3.Ru
Метаболом
-
Определение метаболома
- Метаболом — это полный набор низкомолекулярных химических веществ в биологическом образце.
- Включает эндогенные и экзогенные метаболиты.
- Эндогенные метаболиты делятся на первичные и вторичные.
-
История и происхождение термина
- Термин “метаболом” был введен в 1998 году.
- Подразумевает, что метаболиты кодируются генами или влияют на гены.
- Первая книга по метаболомике опубликована в 2003 году.
-
Методы измерения метаболома
- ЯМР-спектроскопия и масс-спектрометрия используются для измерения метаболитов.
- ЯМР-спектроскопия позволяет идентифицировать и количественно определять малые молекулы.
- Масс-спектрометрия чувствительна и требует небольшого количества пробы.
-
Базы данных метаболома
- Разные виды и ткани имеют разные метаболомы.
- Существуют базы данных для различных организмов и биожидкостей.
- Примеры баз данных: HMDB, YMDB, ECMDB, AraCyc, база данных метаболома мочи, база данных метаболома ликвора, база данных метаболома сыворотки крови.
-
База данных метаболома человека (HMDB)
- Содержит более 40 000 метаболитов.
- Включает химическую, клиническую и биохимическую информацию.
- Содержит данные о концентрациях метаболитов в биожидкостях и заболеваниях.
-
База данных HMDB
- Поддерживает широкий спектр онлайн-запросов
- Включает текстовый поиск, поиск по химической структуре, поиск по сходству последовательностей и поиск по спектральному сходству
- Содержит более 16 000 эндогенных метаболитов, более 1500 лекарственных препаратов и более 22 000 компонентов пищи
-
Метаболомы биожидкостей человека
- Ученые из Университета Альберты описали метаболомы сыворотки крови, мочи, ликвора и слюны
- Метаболом сыворотки крови содержит 4200 соединений, мочи — 3000 соединений, ликвора — почти 500 соединений, слюны — около 400 соединений
-
База данных по метаболизму дрожжей
- Содержит более 2000 низкомолекулярных метаболитов дрожжей
- Включает химическую и биохимическую информацию
- Поддерживает текстовый поиск, поиск по химической структуре, поиск по сходству последовательностей и поиск по спектральному сходству
-
База данных по метаболому кишечной палочки
- Содержит более 2700 низкомолекулярных метаболитов кишечной палочки
-
Атлас метаболома стареющего мозга мыши
- Опубликован в 2021 году
- Данные различаются по областям мозга и могут быть сопоставлены с атласами генов и белков мозга
-
Кишечный метаболом
- Микробиота кишечника вносит вклад в этиологию колоректального рака
- Превращение первичных желчных кислот во вторичные способствует канцерогенезу