Модели эволюции ДНК

• Основы филогенетического анализа

  • Филогенетический анализ – это метод реконструкции эволюционной истории организмов на основе последовательностей ДНК. 
  • Филогенетические деревья представляют собой иерархические структуры, отражающие эволюционные отношения между видами. 

• Методы оценки эволюционного расстояния

  • Метод Юкса-Кантора основан на оценке ожидаемого числа различий между последовательностями. 
  • Модель K80 (Кимура 1980) различает переходы и превращения, предполагает равные базовые частоты оснований и использует матрицу ставок для расчета расстояния. 
  • Модель K81 (Кимура 1981) включает разные скорости переходов и два типа трансверсий, использует разные базовые частоты оснований и также использует матрицу ставок. 
  • Модель F81 (Фельзенштейн 1981) расширяет модель JC69, допуская неравные базовые частоты оснований. 
  • Модель HKY85 (Хасэгава, Кишино и Яно 1985) объединяет модели K80 и F81, различает частоту переходов и трансверсий и допускает неравные базовые частоты. 

• Применение филогенетических методов

  • Филогенетический анализ используется для реконструкции эволюционных отношений между видами и построения филогенетических деревьев. 
  • Методы оценки эволюционного расстояния применяются для расчета филогенетических расстояний между последовательностями ДНК. 
  • Различные модели филогенетического анализа, такие как K80, K81, F81, HKY85, и T92, предлагают разные подходы к оценке эволюционного расстояния. 

• Преобразование Адамара и его применение

  • Преобразование Адамара используется для вычисления ожидаемых частот расположения сайтов в филогенетических деревьях, учитывая набор длин ветвей. 
  • В филогенетике максимального правдоподобия преобразование Адамара позволяет учитывать неоднородность скорости между участками. 
  • Преобразование Адамара может быть объединено с другими методами для учета неоднородности скорости и может свидетельствовать о несоответствии данных филогенетическому дереву. 
  • Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.