Модели эволюции ДНК
-
Основы филогенетического анализа
- Филогенетический анализ — это метод реконструкции эволюционной истории организмов на основе последовательностей ДНК.
- Филогенетические деревья представляют собой иерархические структуры, отражающие эволюционные отношения между видами.
-
Методы оценки эволюционного расстояния
- Метод Юкса-Кантора основан на оценке ожидаемого числа различий между последовательностями.
- Модель K80 (Кимура 1980) различает переходы и превращения, предполагает равные базовые частоты оснований и использует матрицу ставок для расчета расстояния.
- Модель K81 (Кимура 1981) включает разные скорости переходов и два типа трансверсий, использует разные базовые частоты оснований и также использует матрицу ставок.
- Модель F81 (Фельзенштейн 1981) расширяет модель JC69, допуская неравные базовые частоты оснований.
- Модель HKY85 (Хасэгава, Кишино и Яно 1985) объединяет модели K80 и F81, различает частоту переходов и трансверсий и допускает неравные базовые частоты.
-
Применение филогенетических методов
- Филогенетический анализ используется для реконструкции эволюционных отношений между видами и построения филогенетических деревьев.
- Методы оценки эволюционного расстояния применяются для расчета филогенетических расстояний между последовательностями ДНК.
- Различные модели филогенетического анализа, такие как K80, K81, F81, HKY85, и T92, предлагают разные подходы к оценке эволюционного расстояния.
-
Преобразование Адамара и его применение
- Преобразование Адамара используется для вычисления ожидаемых частот расположения сайтов в филогенетических деревьях, учитывая набор длин ветвей.
- В филогенетике максимального правдоподобия преобразование Адамара позволяет учитывать неоднородность скорости между участками.
- Преобразование Адамара может быть объединено с другими методами для учета неоднородности скорости и может свидетельствовать о несоответствии данных филогенетическому дереву.
- Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.