Моделирование биологических систем
-
Основы моделирования биологических систем
- Системная биология и математическая биология используют компьютерное моделирование для изучения биологических систем.
- Моделирование включает в себя клеточные подсистемы, такие как метаболические сети и генные регуляторные сети.
-
Неожиданные свойства сложных систем
- Сложные системы могут демонстрировать новые свойства, возникающие из взаимодействия компонентов.
-
Стандарты и языки разметки
- SBML является наиболее распространенным форматом для обмена моделями в системной биологии.
- Существуют и другие языки разметки, такие как BioPAX и CellML, которые имеют свои акценты.
-
Задачи моделирования
- Создание клеточной модели является сложной задачей, включающей моделирование множества клеточных подсистем.
- Моделирование внутриклеточной передачи сигналов и мембранных вычислений являются важными задачами.
-
Моделирование многоклеточных организмов
- Проект OpenWorm занимается разработкой моделей многоклеточных организмов, включая C. elegans.
-
Предсказание структуры белков
- Предсказание структуры белков является важной целью в биоинформатике и теоретической химии.
- Эксперимент CASP оценивает эффективность методов предсказания структуры белков каждые два года.
-
Моделирование биологических систем человека
- Проект Blue Brain направлен на создание синтетического мозга, а проект «Человеческий мозг» является его продолжением.
- Модели иммунной системы и виртуальной печени также активно развиваются.
-
Экологические модели и моделирование инфекционных заболеваний
- Экосистемные модели упрощают сложные пищевые сети, а модели инфекционных заболеваний помогают прогнозировать эпидемии.
-
Визуализация и программное обеспечение
- Визуализация биологических данных и биосимуляция являются важными аспектами моделирования.
- Алгоритмы Гиллеспи и стохастическое моделирование также играют ключевую роль.
-
Рекомендации и источники
- В статье приведены ссылки на дополнительные ресурсы и источники для углубленного изучения моделирования биологических систем.
Полный текст статьи: