Оглавление [Скрыть]
Моделирование метаболической сети
-
Основы моделирования метаболических сетей
- Метаболические сети представляют собой сложные системы, состоящие из множества реакций и ферментов.
- Моделирование метаболических сетей позволяет анализировать и предсказывать функции и взаимодействия в живых системах.
-
Методы моделирования
- Анализ элементарных режимов и экстремальных траекторий используется для изучения регуляторных механизмов.
- Минимальное метаболическое поведение (MMBs) предлагает компактное описание метаболических сетей.
- Анализ баланса потоков позволяет оптимизировать метаболические сети и определить стехиометрию реакций.
- Динамическое моделирование и оценка параметров используются для оценки кинетических параметров реакций.
-
Синтетическая доступность и реконструкция
- Синтетическая доступность предсказывает летальность от нокаута генов, основываясь на топологии сети.
- Реконструкция объединяет данные о генах, ферментах и реакциях для создания гипотез и экспериментальной проверки.
-
Применение моделирования
- Моделирование используется для понимания функционирования организмов, предсказания адаптивной эволюции и разработки биотехнологических продуктов.
-
Рекомендации и дальнейшее чтение
- Представлены ресурсы и инструменты для анализа и моделирования метаболических сетей.
Полный текст статьи: