Молекулярное моделирование на графических процессорах
-
Основы молекулярного моделирования на GPU
- Молекулярное моделирование на GPU использует графические процессоры для научных расчетов.
- NVIDIA представила видеокарты с параллельными арифметическими блоками в 2007 году.
- CUDA API упростил программирование на C/C++ для параллельных вычислений.
- OpenCL обеспечивает кроссплатформенное графическое ускорение.
-
Применение в квантовой химии и молекулярной механике
- GPU ускоряют вычисления в десятки раз, сравнимо с кластерами на обычных процессорах.
- Примеры программ для квантовой химии и молекулярной механики включают программы для молекулярной динамики, теории функционала плотности и молекулярного дизайна.
-
Программное обеспечение для молекулярного моделирования
- Список включает программы для квантовой химии, молекулярной механики, молекулярного дизайна и других областей.
- Некоторые программы поддерживают OpenCL и доступны для различных платформ.
-
Распределенные вычисления и проекты
- GPUGRID и Folding@home — примеры распределенных суперкомпьютерных инфраструктур.
- Exscalate4Cov — крупномасштабный виртуальный скрининговый эксперимент.
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на другие ресурсы по квантовой химии и физике твердого тела, а также на редактор молекул и проект «Складной@home».