Молекулярное моделирование
-
Основы молекулярного моделирования
- Молекулярное моделирование использует компьютеры для изучения поведения молекул.
- Методы моделирования включают атомистическое описание и подходы квантовой химии.
-
Методы молекулярной механики
- Молекулярная механика основана на классической механике и описывает атомы как точечные заряды.
- Взаимодействия между атомами описываются пружинами и силами Ван-дер-Ваальса.
- Потенциальная функция вычисляет энергию системы и минимизация энергии используется для поиска стабильных состояний.
-
Методы молекулярной динамики
- Молекулярная динамика моделирует поведение системы во времени, используя законы Ньютона.
- Интеграция законов движения приводит к траекториям атомов в пространстве и времени.
-
Моделирование систем
- Моделирование может быть выполнено в вакууме или с присутствием растворителя.
- Влияние растворителя оценивается эмпирически или с использованием неявной сольватации.
-
Координатные представления
- Силовые поля часто выражаются в декартовых координатах, но для внутренних систем предпочтительнее использование внутренних координат.
- Программы оптимизации часто переключаются между координатными представлениями, что влияет на время расчета потенциала.
-
Приложения молекулярного моделирования
- Методы используются для изучения структуры, динамики, свойств и термодинамики различных систем.
- Молекулярные модели доступны в базах данных и применяются в исследованиях биологической активности.
-
Дополнительные ресурсы
- В статье упоминаются другие темы, связанные с молекулярным моделированием, включая сравнение реализаций силовых полей и программного обеспечения.
Полный текст статьи: