Оглавление
МЫШЦЫ (программное обеспечение для выравнивания)
-
Описание программы MUSCLE
- MUSCLE – это программа для множественного выравнивания последовательностей, которая является общественным достоянием.
- Алгоритм был разработан Робертом К. Эдгаром и опубликован в двух статьях в 2004 году.
-
Этапы алгоритма
- MUSCLE состоит из трех этапов: постепенного наращивания, усовершенствования и доработки.
- На первом этапе происходит быстрое выравнивание, основанное на k-мерном расстоянии.
- На втором этапе выполняется более точное выравнивание с использованием расстояния Кимуры.
- На третьем этапе происходит уточнение выравнивания путем удаления ребер из дерева и повторного выравнивания поддеревьев.
-
Сложность и сравнение с другими программами
- Временная сложность первых двух этапов составляет O(N2L + NL2), а пространственная сложность – O(N2 + NL + L2).
- Третий этап добавляет к временной сложности O(N3L).
- MUSCLE часто используется вместо Clustal, обеспечивая лучшее выравнивание в зависимости от параметров.
-
Интеграция и доступность
- MUSCLE интегрирован в различные программные пакеты и доступен как веб-сервис через EMBL-EBI.
- Две статьи, описывающие MUSCLE, были процитированы более 19 000 раз.
-
Ссылки и рекомендации
- В статье также упоминаются другие программы для выравнивания последовательностей, такие как DNASTAR, Clustal, АМАП, Т-КОФЕ, МАФФТ.
- В конце статьи есть ссылки на официальный веб-сайт и веб-сервер MUSCLE.