Общий формат функций
-
Формат общих признаков (GFF)
- Используется для описания генов и других признаков в биоинформатике
- Существуют разные версии GFF, включая GFF2/GTF и GFF3
-
Структура GFF
- Все форматы GFF имеют одинаковую структуру для первых 7 полей
- Девятое поле различается в разных версиях GFF
- Некоторые поля были переименованы в GFF3 для избежания путаницы
-
Фаза характеристик CDS
- CDS означает «кодирующая последовательность»
- В GFF3 фаза указывает, где начинается элемент относительно рамки считывания
- Фаза может быть одним из целых чисел 0, 1 или 2
-
Мета-директивы
- Метаинформация может быть включена в файлы GFF после директивы ##
- Метаинформация может содержать информацию о версии GFF, регионе последовательности или виде
-
Программное обеспечение GFF
- Существуют серверы и клиенты, которые генерируют и используют формат GFF
- Онлайн-инструменты и сервисы доступны для проверки и аутентификации файлов GFF3
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на другие форматы и инструменты для работы с последовательностями