Общий формат функций

• Формат общих признаков (GFF)

  • Используется для описания генов и других признаков в биоинформатике 
  • Существуют разные версии GFF, включая GFF2/GTF и GFF3 

• Структура GFF

  • Все форматы GFF имеют одинаковую структуру для первых 7 полей 
  • Девятое поле различается в разных версиях GFF 
  • Некоторые поля были переименованы в GFF3 для избежания путаницы 

• Фаза характеристик CDS

  • CDS означает “кодирующая последовательность” 
  • В GFF3 фаза указывает, где начинается элемент относительно рамки считывания 
  • Фаза может быть одним из целых чисел 0, 1 или 2 

• Мета-директивы

  • Метаинформация может быть включена в файлы GFF после директивы ## 
  • Метаинформация может содержать информацию о версии GFF, регионе последовательности или виде 

• Программное обеспечение GFF

  • Существуют серверы и клиенты, которые генерируют и используют формат GFF 
  • Онлайн-инструменты и сервисы доступны для проверки и аутентификации файлов GFF3 

• Дополнительные ресурсы

  • Ссылки на другие форматы и инструменты для работы с последовательностями