Пакет для анализа коротких олигонуклеотидов
-
Описание пакета SOAP
- Набор программ для биоинформатики от BGI для анализа данных секвенирования ДНК.
- Особенно подходит для быстрого чтения данных секвенирования.
- Все программы бесплатны и распространяются под лицензией GPL.
-
Функции SOAP
- Выравнивание последовательностей: SOAPaligner (SOAP2) для быстрого выравнивания коротких записей.
- Сборка генома: SOAPdenovo для сборки больших геномов, включая геном человека.
- Сборка транскриптома: SOAPdenovo-Trans для RNA-Seq.
- Обнаружение вставок и удалений: SOAPindel для парного секвенирования.
- Обнаружение SNP: SOAPsnp для построения согласованной последовательности.
- Обнаружение структурных изменений: SOAPsv для поиска вариаций в геноме.
- Контроль качества и предварительная обработка: SOAPnuke для геномных экспериментов.
-
История развития SOAP
- Версия 1: только инструмент для выравнивания SOAPaligner.
- Версия 2: значительное улучшение SOAPaligner, сокращение времени выравнивания и использование памяти.
- Версия 3: первый инструмент для выравнивания с коротким чтением, использующий графические процессоры, значительно превосходящий Bowtie и BWA по скорости.
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на внешние ресурсы и рекомендации по теме геномной биоинформатики.