Пангеном
-
Определение и история пангенома
- Пангеном — это полный геном организма, включая все гены, которые могут быть идентифицированы.
- Пангеномы были впервые описаны в 1990-х годах, но их значение было признано только в 2000-х годах.
-
Структура и эволюция пангенома
- Пангеном состоит из генов, которые являются общими для всех организмов одного вида.
- Эволюция пангенома включает в себя приобретение новых генов и потерю генов.
- Пангеномы могут быть закрытыми или открытыми, в зависимости от наличия новых генов.
-
Примеры пангеномов
- Пангеномы прокариот включают в себя гены, которые являются общими для различных штаммов бактерий.
- Пангеномы эукариот включают в себя гены, которые являются общими для различных видов грибов.
- Пангеномы вирусов включают в себя гены, которые являются общими для различных вирусных линий.
-
Методы и инструменты анализа пангеномов
- Для анализа пангеномов используются различные программные средства, включая Panseq и PGAP.
- Графы пангеномов представляют собой новые структуры данных для эффективного сопоставления с пангеномами.
-
Применение пангеномов
- Пангеномы используются для изучения разнообразия геномов, адаптации микроорганизмов и эволюции.
- Метапангеномика объединяет геномные данные из культивируемых и некультивируемых микроорганизмов.
-
Пангеном человека
- Проект Human Pangenome направлен на признание разнообразия генома человека.
- В 2023 году опубликован справочник по пангеному человека, основанный на 47 геномах.
-
Развитие пангеномики
- Пангеномы показали свою перспективность в селекции растений благодаря учету структурных вариантов и SNP.
- В 2020 году были разработаны новые инструменты для анализа пангеномов, включая Anvi’o.