ФИ-база
-
Обзор базы данных PHI-base
- PHI-base — это база данных, содержащая информацию о генах, влияющих на взаимодействие патогенов с хозяевами.
- База данных поддерживается с 2005 года и является частью ELIXIR с 2016 года.
-
Цели и содержание PHI-base
- База данных предназначена для использования проверенных генов, связанных с заболеваниями и реакциями хозяина.
- Она содержит каталоги генов патогенности для различных организмов, включая грибы и оомицеты.
- PHI-base предоставляет информацию о потенциальных мишенях для лекарств и натуральных продуктов.
-
Структура и функции PHI-base
- Каждая запись в базе данных курируется экспертами и подкреплена экспериментальными данными.
- Гены аннотированы с использованием контролируемых словарей и ссылок на внешние источники данных.
-
Текущее состояние и развитие
- Версия 4.17 PHI-base содержит информацию о 9973 генах и взаимодействиях между 296 патогенами и 249 хозяевами.
- База данных специализируется на патогенах, влияющих на растения и человека.
- Доступна загрузка данных в формате с разделением табуляцией и инструмент поиска PHIB-BLAST.
-
Интеграция и использование PHI-base
- PHI-base интегрирована с другими базами данных, такими как Ensembl Genomes, FungiDB и GloBI.
- База данных используется для различных приложений, включая открытие консервативных генов и сравнительный анализ генома.
-
Финансирование и рекомендации
- PHI-base финансируется BBSRC и является национальным проектом.
- Рекомендуется использовать внешние ссылки для получения дополнительной информации.