Оглавление [Скрыть]
- 1 Посттрансляционная модификация
- 1.1 Посттрансляционная модификация белков
- 1.2 Типы посттрансляционных модификаций
- 1.3 Функциональные группы и участки
- 1.4 Методы обнаружения
- 1.5 Ферментативные модификации
- 1.6 Неферментативные модификации
- 1.7 Конъюгация с другими белками
- 1.8 Химическая модификация аминокислот
- 1.9 Структурные изменения
- 1.10 Статистика и базы данных
- 1.11 Базы данных о белках и посттрансляционных модификациях
- 1.12 Влияние PTM на функцию белков
- 1.13 Инструменты для визуализации белков и PTM
- 1.14 Примеры PTM
- 1.15 Связанные темы
- 1.16 Рекомендации
- 1.17 Полный текст статьи:
- 2 Посттрансляционная модификация
Посттрансляционная модификация
-
Посттрансляционная модификация белков
- Ковалентный процесс изменения белков после биосинтеза
- Включает ферменты или возникает спонтанно
- Важна для клеточной сигнализации и регуляции
-
Типы посттрансляционных модификаций
- Фосфорилирование, гликозилирование, липидизация, расщепление пептидных связей
- Образование дисульфидных связей, карбонилирование, окисление
-
Функциональные группы и участки
- Гидроксильные группы серина, треонина, тирозина
- Аминные формы лизина, аргинина, гистидина
- Тиолат-анион цистеина, карбоксилаты аспартата и глутамата
- Амид аспарагина, окисленные метионины
-
Методы обнаружения
- Масс-спектрометрия, Истерн-блоттинг, вестерн-блоттинг
-
Ферментативные модификации
- Добавление ферментов in vivo
- Гидрофобные группы для локализации на мембране
- Кофакторы для повышения ферментативной активности
- Изменения коэффициентов перевода
- Меньшие химические группы
-
Неферментативные модификации
- Гликирование, гликоксидирование, нитрозилирование, окисление
- Сукцинирование, липоксидирование
-
Конъюгация с другими белками
- Убиквитинирование, сумоилирование, неддилирование, ISGylation
- Окукливание
-
Химическая модификация аминокислот
- Цитруллинирование, дезаминирование, элиминилирование
-
Структурные изменения
- Дисульфидные мостики, лизин-цистеиновые мостики
- Протеолитическое расщепление, образование изоаспартата
- Сплайсинг белков
-
Статистика и базы данных
- Общие PTMS по частоте и остатку
- Необходимость документирования информации в базах данных
- Примеры баз данных: PhosphoSitePlus
-
Базы данных о белках и посттрансляционных модификациях
- ProteomeScout: база данных о белках и их посттрансляционных модификациях, полученных экспериментально.
- Справочная база данных по белкам человека: база данных для понимания различных белков и их функций.
- PROSITE: база данных согласованных шаблонов для различных типов PTM.
- RESID: база данных аннотаций и структур для PTM.
- iPTMnet: база данных, объединяющая информацию PTM из нескольких баз знаний.
- dbPTM: база данных, отображающая различные PTM и их химические компоненты.
-
Влияние PTM на функцию белков
- PTM влияют на функцию белков и физиологические процессы.
- База данных O-GlcNAc: специализированная база данных по O-GlcNAcylation белков.
-
Инструменты для визуализации белков и PTM
- PyMOL: вводит PTM в белковые модели.
- AWESOME: интерактивный инструмент для визуализации роли однонуклеотидных полиморфизмов в PTM.
- Chimera: интерактивная база данных для визуализации молекул.
-
Примеры PTM
- Расщепление и образование дисульфидных мостиков в инсулине.
- PTM гистонов как регуляция транскрипции.
- PTM РНК-полимеразы II как регуляция транскрипции.
- Расщепление полипептидных цепей для специфичности лектина.
-
Связанные темы
- Нацеливание на белок.
- Посттрансляционная регуляция.
-
Рекомендации
- Контролируемый словарь посттрансляционных модификаций в Uniprot.
- Список постпереводных изменений в ExPASy.
- Просмотр доменов SCOP по PTM из базы данных dcGO.
- Обзор и описание методов обнаружения посттрансляционных модификаций.