RNA virus
-
Классификация и характеристики
- RNA вирусы имеют рибонуклеиновую кислоту (РНК) в качестве генетического материала.
- РНК может быть одноцепочечной (ssRNA) или двухцепочечной (dsRNA).
- Известные заболевания, вызываемые RNA вирусами: простуда, грипп, SARS, MERS, COVID-19, лихорадка Денге, гепатит С, гепатит Е, лихорадка Западного Нила, Эбола, бешенство, полиомиелит, свинка, корь.
- ICTV классифицирует RNA вирусы по группам III, IV или V.
- Группа VI включает ретровирусы, использующие ДНК в жизненном цикле.
-
Классификация по полярности РНК
- Одноцепочечные РНК вирусы делятся на положительные (ssRNA) и отрицательные (ssRNA).
- Положительные вирусы могут быть непосредственно переведены клеткой, отрицательные требуют транскрипции в положительные.
- Амбисенс РНК вирусы переводят гены с обеих цепей.
-
Двухцепочечные РНК вирусы
- Двухцепочечные РНК вирусы разнообразны по хозяину, числу сегментов генома и организации вириона.
- Примеры: ротавирусы, пикорнавирусы, вирус блютанга.
- Структура и репликация двухцепочечных РНК вирусов изучаются.
-
Мутации и сложность последовательности
- РНК вирусы имеют высокие мутации из-за отсутствия proofreading у РНК-полимераз.
- РНК вирусы сложнее классифицировать из-за низкой последовательной избыточности.
-
Репликация
- Животные РНК вирусы классифицируются по геному и способу репликации.
- Положительные РНК вирусы используют свой геном как мРНК, отрицательные требуют транскрипции.
- Ретровирусы используют ДНК в качестве промежуточного звена.
-
Рекомбинация
- РНК вирусы способны к генетической рекомбинации.
- Рекомбинация помогает избежать повреждений генома и способствует эволюции.
-
Классификация
- Классификация основана на типе генома и числе генов.
- Существует 5 порядков и 47 семейств РНК вирусов.
- Положительные РНК вирусы делятся на три группы: Picornavirata, Flavivirata, Rubivirata.
- Альфа-подобные вирусы делятся на алтовирусы и типовирусы.
- Дополнительные исследования выявили пять групп положительных РНК вирусов.
-
Классификация вирусов
- Alphaviruses и flaviviruses разделены на два семейства: Togaviridae и Flaviridae.
- Другие таксономические назначения, такие как pestiviruses, hepatitis C virus, rubiviruses, hepatitis E virus, и arteriviruses, могут быть неверными.
- Coronaviruses и toroviruses являются отдельными семействами в разных порядках.
- Luteoviruses разделены на две семьи, а apple chlorotic leaf spot virus не является closterovirus, а новым родом Potexviridae.
-
Эволюция вирусов
- Эволюция picornaviruses связана с дивергенцией эукариот.
- Partitiviruses связаны с totivirus и могут эволюционировать от него.
- Hypoviruses и barnaviruses связаны с potyvirus и sobemovirus.
-
Двойная-цепочечная РНК
- Вирусы с двойной-цепочечной РНК не тесно связаны друг с другом.
- Они принадлежат к четырем классам и одному порядку.
- Существует две крупные клады: одна включает Caliciviridae, Flaviviridae, и Picornaviridae, а вторая включает Alphatetraviridae, Birnaviridae, Cystoviridae, Nodaviridae, и Permutotetraviridae.
-
Отрицательная-цепочечная РНК
- Эти вирусы имеют различные типы генома от одной молекулы до восьми сегментов.
- Они могут происходить из членистоногих и диверсифицироваться оттуда.
-
Спутниковые вирусы
- Существует множество спутниковых вирусов, которые требуют помощи другого вируса для завершения жизненного цикла.
- Их таксономия еще не установлена.
-
Группа III: dsRNA вирусы
- Включает двенадцать семейств и множество неклассифицированных родов и видов.
- Примеры: Amalgaviridae, Birnaviridae, Chrysoviridae, Cystoviridae, Endornaviridae, Hypoviridae, Megabirnaviridae, Partitiviridae, Picobirnaviridae, Reoviridae, Totiviridae, Quadriviridae.
-
Группа IV: positive-sense ssRNA вирусы
- Включает три порядка и 34 семейства.
- Примеры: Arteriviridae, Coronaviridae, Mesoniviridae, Roniviridae, Dicistroviridae, Iflaviridae, Marnaviridae, Picornaviridae, Secoviridae, Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae, Gammaflexiviridae, Tymoviridae, Alphatetraviridae, Alvernaviridae, Astroviridae, Barnaviridae, Benyviridae, Botourmiaviridae, Bromoviridae, Caliciviridae, Carmotetraviridae, Closteroviridae, Flaviviridae, Fusariviridae, Hepeviridae, Hypoviridae, Leviviridae, Luteoviridae, Polycipiviridae, Narnaviridae, Nodaviridae, Permutotetraviridae, Potyviridae, Sarthroviridae, Statovirus, Togaviridae, Tombusviridae, Virgaviridae.
-
Группа V: negative-sense ssRNA вирусы
- Включает один филум Negarnaviricota и два подфилума Haploviricotina и Polyploviricotina.
- Включает шесть классов, семь порядков и двадцать четыре семейства.
- Примеры: Qinviridae, Aspiviridae, Chuviridae, Bornaviridae, Filoviridae, Mymonaviridae, Nyamiviridae, Paramyxoviridae, Pneumoviridae, Rhabdoviridae, Sunviridae, Yueviridae, Arenaviridae, Cruliviridae, Feraviridae, Fimoviridae, Hantaviridae, Jonviridae, Nairoviridae, Peribunyaviridae, Phasmaviridae, Phenuiviridae, Tospoviridae, Tilapineviridae, Amnoonviridae, Orthomyxoviridae, Deltavirus.