SAM (формат файла)

• История и разработка формата SAM

  • SAM разработан для хранения выровненных последовательностей по эталонной последовательности. 
  • Формат был создан в рамках проекта “1000 геномов” для замены MAQ mapper. 
  • Название SAM было предложено Габором Мартом, но с другим синтаксисом. 

• Структура и особенности формата SAM

  • Формат состоит из заголовка и секции выравнивания. 
  • SAM поддерживает короткие и длинные последовательности, созданные различными секвенирующими платформами. 
  • SAM используется для хранения сопоставленных данных и анализа генома. 
  • Двоичным эквивалентом SAM является BAM, который хранит данные в сжатом виде. 

• Описание разделов файла SAM

  • Заголовок начинается с символа “@” и содержит обязательные и необязательные поля. 
  • Раздел “Выравнивание” содержит 11 обязательных полей и может иметь дополнительные поля. 

• Спецификация формата SAM

  • В спецификации описаны поля заголовка, выравнивания и флаги. 
  • Поля заголовка и выравнивания содержат информацию о шаблоне запроса, контрольной последовательности, позициях отображения и качестве картографирования. 
  • Флаги представляют собой битовые атрибуты, которые суммируются для получения окончательного значения. 

• Дополнительные поля и форматы

  • SAMtags позволяют добавлять дополнительные поля, такие как типы данных и массивы. 
  • Упомянуты форматы FASTA, FASTQ и GVF, а также рекомендации по использованию форматов.