Самодельные инструменты
-
Обзор SAMtools
- SAMtools — это набор инструментов для обработки коротких последовательностей ДНК в форматах SAM, BAM и CRAM.
- Инструменты SAMtools поддерживают различные задачи, включая вызов вариантов и просмотр выравнивания.
- Файлы SAM и BAM могут быть очень большими, поэтому для экономии места используется сжатие.
- SAMtools позволяет работать с сжатыми файлами BAM без необходимости их распаковки.
-
Использование и команды SAMtools
- Команды SAMtools следуют потоковой модели и могут быть объединены в единый конвейер обработки данных.
- Данные передаются через стандартные потоки (stdin, stdout, stderr) и могут быть перенаправлены в другие файлы или команды.
-
Примеры команд SAMtools
- Преобразование файла bam в файл sam и наоборот.
- Извлечение данных, выровненных по определенному диапазону, и сохранение их в файле BAM.
- Извлечение данных и их запись в новый bam-файл с сохранением порядка операций чтения.
- Интерактивный просмотрщик для визуализации областей выравнивания и несоответствий.
- Сортировка и запись данных в файлы bam с автоматическим определением типа выходных данных.
- Создание индексного файла для отсортированного файла bam.
-
Дополнительные ресурсы
- Ссылки на секвенирование ДНК, формат штабелирования и рекомендации по использованию SAMtools.
- Внешние ссылки на домашнюю страницу проекта SAMtools и математические заметки по алгоритмам SAMtools.