Оглавление [Скрыть]
- 1 Секвенатор ДНК
- 1.1 История секвенаторов ДНК
- 1.2 Первое поколение ДНК-секвенаторов
- 1.3 Второе поколение ДНК-секвенаторов
- 1.4 Третье поколение ДНК-секвенаторов
- 1.5 Производители секвенсоров ДНК
- 1.6 Технологии секвенирования ДНК от Illumina
- 1.7 Life Technologies (Thermo Fisher Scientific)
- 1.8 SOLiD systems
- 1.9 Beckman Coulter (Danaher)
- 1.10 Pacific Biosciences
- 1.11 Oxford Nanopore Technologies
- 1.12 MGI
- 1.13 Полный текст статьи:
- 2 Секвенатор ДНК
Секвенатор ДНК
-
История секвенаторов ДНК
- Первый автоматический секвенатор ДНК был представлен в 1987 году компанией Applied Biosystems.
- Метод секвенирования по Сэнгеру стал основой для первого поколения ДНК-секвенаторов.
- Проект “Геном человека” стимулировал разработку более дешевых и точных платформ.
-
Первое поколение ДНК-секвенаторов
- Использовали метод секвенирования по Сэнгеру и флуоресцентные дидезоксинуклеотиды.
- Примеры: AB370A, AB310.
- Завершение проекта “Геном человека” в 2001 году.
-
Второе поколение ДНК-секвенаторов
- Включает платформы 454, SOLiD, Illumina.
- Увеличили скорость секвенирования и точность.
- Примеры: 454 Life Sciences, Solexa, Illumina.
-
Третье поколение ДНК-секвенаторов
- Используют методы, не требующие амплификации ДНК.
- Примеры: Pacific Biosciences, Oxford Nanopore Technologies.
- Данные собираются в режиме реального времени.
-
Производители секвенсоров ДНК
- Roche: 454, GS FLX+, GS Junior.
- Illumina: HiSeq, Genome Analyzer IIx, MiSeq.
- Другие производители: Ion Torrent, BGI, MGI Tech.
-
Технологии секвенирования ДНК от Illumina
- Используются два программных средства: система управления HiSeq и анализатор в режиме реального времени
- Помогают оценить качество секвенирования и избежать помех между кластерами
-
Life Technologies (Thermo Fisher Scientific)
- Производит секвенсоры ДНК под брендами Applied Biosystems и Ion Torrent
- Applied Biosystems выпускает платформы нового поколения и ДНК-секвенсоры на базе Sanger
- Ion Torrent выпускает четыре секвенсора нового поколения
- Разрабатывает новый секвенсор капиллярной ДНК SeqStudio
-
SOLiD systems
- Приобретена компанией Applied Biosystems в 2006 году
- Использует секвенирование с помощью лигирования и кодирования с двумя основаниями
- Система 5500xl увеличила длину считывания до 85 бит/с и точность до 99,99%
- Ограниченная длина считывания остается недостатком
-
Beckman Coulter (Danaher)
- Ранее производила секвенаторы ДНК на основе терминаторов цепей и капиллярного электрофореза
- В настоящее время производит систему генетического анализа GeXP на основе терминатора красителя
-
Pacific Biosciences
- Производит системы секвенирования PacBio RS и Sequel
- Использует метод секвенирования одной молекулы в реальном времени (SMRT)
- Система Sequel запущена в 2015 году с увеличенной производительностью и более низкой ценой
-
Oxford Nanopore Technologies
- Секвенсор MinION основан на технологии секвенирования нанопор
- Устройство имеет длину четыре дюйма и питается от USB-порта
- Точность устройства снижена до менее 0,005%
- Существуют итерации продукта: GridION и PromethION
-
MGI
- Производит высокопроизводительные секвенсоры для научных исследований и клинических применений
- Использует технологии секвенирования ДНК в виде наношариков и синтеза комбинаторных зондовых якорей
- DNBSEQ-T7 может генерировать короткие считывания в больших масштабах
- MGISEQ-2000 использовался для секвенирования одноклеточной РНК для изучения COVID-19