Секвенирование генома рака
-
Секвенирование генома рака
- Секвенирование всего генома раковых клеток
- Включает секвенирование первичной опухолевой ткани и микросреды опухоли
- Информация включает идентификацию нуклеотидов, количество копий и статус мутаций
-
История секвенирования генома рака
- Первое сообщение в 2006 году
- Первый полный геном рака секвенирован в 2008 году
- Первые опухоли секвенированы в 2009-2011 годах
-
Проекты и консорциумы
- Проект CGAP (1997-2003)
- Проект Института Сэнгера «Геном рака» (2005-2011)
- Международный консорциум по изучению генома рака (ICGC) (2007-настоящее время)
-
Клиническая значимость
- Идентификация специфических изменений у пациентов
- Разработка индивидуальной терапевтической стратегии
- Клональная эволюция и гетерогенность опухолей
-
Комплексные проекты
- Проект «Геном рака» (CGP)
- Атлас генома рака (TCGA)
- Международный консорциум по изучению генома рака (ICGC)
-
Технологии и платформы
- Использование тех же технологий, что и для секвенирования всего генома
- Второе и третье поколения высокопроизводительного секвенирования
-
Анализ данных
- Сопоставление результатов с эталонным геномом человека
- Сравнение с нормальной тканью для выявления уникальных мутаций
- Создание эталонных образцов для выявления раковых мутаций
-
Цели секвенирования генома рака
- Выявление движущих мутаций, увеличивающих частоту мутаций
- Разработка базовой модели происхождения и прогрессирования опухоли
-
Анализ генома рака
- Используется для выработки рекомендаций по фармакологическому лечению
- Проводился только для клинических испытаний пациентов
-
Ограничения секвенирования генома
- Соматические мутации вносят небольшой вклад в выживаемость клеток
- Мутации группируются в сигнальных путях, что делает их потенциальными мишенями
- Раковые заболевания представляют собой гетерогенные популяции клеток
- Информация о различиях в последовательности теряется при анализе целой опухоли
- Клинически значимые свойства опухолей могут быть обусловлены крупномасштабными перестройками генома
-
Преобразование информации в план лечения
- Преобразование информации о последовательности в план лечения сложно и требует специалистов из разных областей
- План лечения не гарантирует эффективность
-
Инциденталом
- Набор выявленных геномных вариантов, не связанных с исследуемым видом рака
- Выявление таких вариантов может привести к дополнительным мерам
-
Дополнительные ресурсы
- Проект «Геном рака»
- CGAP (Общий план действий)
- Атлас генома рака
- Проект по изучению генома рака
- Международный консорциум по изучению генома рака