Стокгольмский формат
-
Описание стокгольмского формата
- Используется Pfam, Rfam и Dfam для выравнивания последовательностей.
- Поддерживается многими инструментами, включая Ralee, Belvu, Jalview, Infernal, HMMER и Xrate.
- Файлы имеют расширение .sto или .stk.
-
Синтаксис файла стокгольмского формата
- Содержит заголовок с форматом и идентификатором версии.
- За заголовком следуют строки с разметкой и последовательностями.
- Окончание выравнивания обозначается строкой «//».
-
Пример файла стокгольмского формата
- Последовательности записываются в каждой строке.
- Имена последовательностей имеют форму «имя/начало-конец» или «имя».
- Буквы последовательности могут содержать любые символы, кроме пробелов.
- Пробелы обозначаются символами «.» или «-«.
- Линии разметки начинаются с «#».
-
Функции стокгольмского формата
- Используются Pfam и Rfam для аннотаций.
- Включают теги #=ГФ, #=GS, #=ГР и другие.
- Некоторые функции имеют дополнительные символы, например, «_cons» для консенсуса.
-
Примечания к файлу стокгольмского формата
- Не использовать несколько строк с одной меткой #=GC или #=GR.
- Для каждой последовательности должно быть только одно уникальное свойство.
- Буквы SS белка и RNA SS имеют определенные значения.
- Вложенные символы указывают на базовые пары, а «.» и «,» обозначают непарные области.
-
Рекомендации по размещению полей
- Поля #=GF, #=GC, #=GS и #=GR должны быть размещены в определенных местах.
-
Ограничения по размеру файла
- Нет явных ограничений по размеру полей, но анализатор должен учитывать ограничения по длине строки и имени.
-
Примеры файлов стокгольмского формата
- Приведены примеры простых и сложных выравниваний с псевдоузлами.
-
Ссылки и дополнительные ресурсы
- Ссылки на формат FASTA, Rfam и рекомендации по использованию стокгольмского формата.