Стокгольмский формат

• Описание стокгольмского формата

  • Используется Pfam, Rfam и Dfam для выравнивания последовательностей. 
  • Поддерживается многими инструментами, включая Ralee, Belvu, Jalview, Infernal, HMMER и Xrate. 
  • Файлы имеют расширение .sto или .stk. 

• Синтаксис файла стокгольмского формата

  • Содержит заголовок с форматом и идентификатором версии. 
  • За заголовком следуют строки с разметкой и последовательностями. 
  • Окончание выравнивания обозначается строкой “//”. 

• Пример файла стокгольмского формата

  • Последовательности записываются в каждой строке. 
  • Имена последовательностей имеют форму “имя/начало-конец” или “имя”. 
  • Буквы последовательности могут содержать любые символы, кроме пробелов. 
  • Пробелы обозначаются символами “.” или “-“. 
  • Линии разметки начинаются с “#”. 

• Функции стокгольмского формата

  • Используются Pfam и Rfam для аннотаций. 
  • Включают теги #=ГФ, #=GS, #=ГР и другие. 
  • Некоторые функции имеют дополнительные символы, например, “_cons” для консенсуса. 

• Примечания к файлу стокгольмского формата

  • Не использовать несколько строк с одной меткой #=GC или #=GR. 
  • Для каждой последовательности должно быть только одно уникальное свойство. 
  • Буквы SS белка и RNA SS имеют определенные значения. 
  • Вложенные символы указывают на базовые пары, а “.” и “,” обозначают непарные области. 

• Рекомендации по размещению полей

  • Поля #=GF, #=GC, #=GS и #=GR должны быть размещены в определенных местах. 

• Ограничения по размеру файла

  • Нет явных ограничений по размеру полей, но анализатор должен учитывать ограничения по длине строки и имени. 

• Примеры файлов стокгольмского формата

  • Приведены примеры простых и сложных выравниваний с псевдоузлами. 

• Ссылки и дополнительные ресурсы

  • Ссылки на формат FASTA, Rfam и рекомендации по использованию стокгольмского формата.