Структурная геномика
-
Определение и значение структурной геномики
- Структурная геномика — это область биоинформатики, которая фокусируется на определении структуры белков на основе геномных последовательностей.
- Структурная геномика дополняет традиционную структурную биологию, которая фокусируется на отдельных белках.
-
Преимущества и недостатки структурной геномики
- Структурная геномика позволяет быстро определять структуры белков благодаря сочетанию экспериментальных и модельных подходов.
- Геномные последовательности позволяют моделировать структуры белков на основе гомологов.
- Определение структуры белка до его функции может быть сложной задачей.
-
Методы структурной геномики
- Экспериментальные методы включают клонирование, экспрессию и кристаллизацию белков.
- Геномное моделирование, такое как ab initio, может быть эффективным для идентификации новых структур.
- Моделирование на основе последовательности сравнивает последовательности генов с известными структурами.
-
Примеры структурной геномики
- JCSG, часть PSI, занимается определением структуры белков термофильной бактерии Thermotoga maritima.
- Консорциум по структурной геномике туберкулеза исследует структуры потенциальных лекарственных мишеней Mycobacterium tuberculosis.
-
Базы данных и классификации
- PDB — хранилище информации о последовательностях и структурах белков.
- UniProt предоставляет информацию о последовательностях и функциях белков.
- SCOP Classifications и CATH — иерархические подходы к классификации белков.