Выраженный тег последовательности
-
Определение и использование EST
- EST — короткая подпоследовательность кДНК, используемая для идентификации транскриптов генов.
- EST сыграли важную роль в открытии генов и определении их последовательности.
- В настоящее время доступно около 74,2 миллиона EST.
-
Процесс идентификации EST
- EST генерируются путем однократного секвенирования клонированной кДНК.
- Клоны кДНК обычно представляют собой отдельные клоны из библиотеки кДНК.
- Длина EST ограничена 500-800 нуклеотидами.
-
Методы картирования и аннотации
- EST можно сопоставить с хромосомами с помощью физического картирования.
- Если геном организма секвенирован, EST можно привести в соответствие с ним.
- EST содержат информацию для разработки зондов для микрочипов ДНК.
-
История и источники данных
- В 1979 году команды из Гарварда и Калифорнийского технологического института расширили идею создания ДНК-копий мРНК.
- В 1982 году Грег Сатклифф исследовал отбор клонов из библиотеки кДНК для секвенирования.
- В 1991 году Адамс и его коллеги ввели термин EST и начали систематическое секвенирование.
- dbEST — подразделение Genbank, основанное в 1992 году, где данные поступают от лабораторий по всему миру.
-
Проблемы и решения
- EST часто являются частичными последовательностями одной мРНК.
- EST-контиги объединяют EST для анализа генов.
- Проект TissueInfo помогает устранить неоднозначность происхождения тканей и состояния заболевания.
-
Дополнительные ресурсы
- TIGR gene indexes, Unigene, STACK предоставляют EST-контиги.
- TissueInfo предоставляет кураторские данные и онтологию тканей.
- Программное обеспечение с открытым исходным кодом связывает аннотации к транскриптам с профилями экспрессии тканей.