TopHat (биоинформатика)
-
Обзор инструмента TopHat
- TopHat — это биоинформатический инструмент для выравнивания последовательностей кДНК, полученных с помощью RNA-Seq.
- Он использует Bowtie для начального выравнивания и затем сопоставляет с эталонным геномом для обнаружения сплайсинга РНК.
- TopHat разработан в 2009 году и был улучшен Дэхваном Кимом и Стивеном Зальцбергом.
-
История и развитие
- TopHat был создан в Мэрилендском университете и Калифорнийском университете в Беркли.
- Ким переписал код Trapnell на C++ для повышения скорости и добавил эвристики для точности.
- TopHat-fusion используется для обнаружения слияний генов в раковых тканях.
-
Использование и преимущества
- TopHat используется для выравнивания результатов RNA-Seq без необходимости полагаться на известные сайты сплайсинга.
- Он обеспечивает более быстрое сопоставление с эталонным геномом по сравнению с предыдущими системами.
- TopHat может обрабатывать большие объемы данных и часто используется в конвейерах, таких как Tuxedo.
-
Недостатки и альтернативы
- TopHat находится на низкой стадии технического обслуживания и содержит программные ошибки.
- Он был заменен более эффективным и точным инструментом HISAT2, который обеспечивает ту же функциональность.
-
Дополнительная информация
- Ссылки на другие инструменты биоинформатики RNA-Seq и методы анализа микрочипов также упоминаются в статье.