Компьютерная геномика
-
Определение и история компьютерной геномики
- Компьютерная геномика использует статистический анализ для расшифровки биологических данных.
- Корни этой области уходят в 1960-е годы, когда были собраны базы данных гомологичных белковых последовательностей.
- В 1980-х годах начали регистрироваться геномные последовательности, что создало проблемы с поиском и сравнением данных.
- Алгоритмы Нидлмана-Вунша и BLAST стали ключевыми для сравнения геномных последовательностей.
- Появление термина «компьютерная геномика» связано с секвенированием полных геномов в 1990-х годах.
-
Развитие и вклад в биологию
- Исследования в области компьютерной геномики внесли вклад в понимание эволюции генома, предсказание расположения генов и экспрессии генов.
- Методы сравнения геномных последовательностей включают расстояния выравнивания и вероятностные подходы, такие как Mash.
- Кластеризация геномных данных упрощает статистический анализ и используется для определения биосинтетических кластеров генов.
- Анализ генома для получения кластеров биосинтетических генов стал ключевым для разработки натуральных продуктов.
-
Современные инструменты и методы
- Разработаны инструменты для анализа сетей сходства последовательностей и определения численности и экспрессии биосинтетических кластеров генов.
- BiG-SLiCE представляет собой инструмент для кластеризации огромного количества биосинтетических генов, что позволяет группировать их в семейства кластеров генов.
-
Перспективы и рекомендации
- Ожидается, что вычислительные подходы останутся важной темой для исследований и преподавания.
- Студенты, владеющие обеими темами, будут формироваться на курсах, созданных за последние годы.
- Для получения дополнительной информации о компьютерной геномике можно обратиться к курсам и внешним ссылкам, предоставленным в статье.
Полный текст статьи: