Выравнивание последовательности

• Основы множественного выравнивания последовательностей

  • Выравнивание последовательностей – это процесс сравнения двух или более последовательностей для определения их сходства. 
  • Выравнивание может быть использовано для построения филогенетических деревьев и предсказания структуры белков. 

• Методы выравнивания

  • Прогрессивные методы основаны на последовательном добавлении последовательностей в выравнивание. 
  • Итеративные методы оптимизируют целевую функцию, используя начальное глобальное выравнивание. 
  • Поиск мотивов использует профили для поиска коротких мотивов в последовательностях. 
  • Методы, вдохновленные компьютерными науками, включают скрытые марковские модели и генетические алгоритмы. 

• Структурное выравнивание

  • Структурные выравнивания основаны на информации о вторичной и третичной структуре белков или РНК. 
  • Они используются для точного выравнивания участков с известной структурой. 

• Филогенетический анализ

  • Филогенетика тесно связана с выравниванием, так как они оба используются для оценки родства последовательностей. 
  • Филогенетические деревья используются для классификации эволюционных связей между генами. 

• Оценка значимости

  • Выравнивание полезно для определения сходства и построения филогенетических деревьев. 
  • Однако биологическая значимость выравнивания не всегда очевидна, и могут возникать статистические артефакты. 
  • Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.