Выравнивание последовательности
-
Основы множественного выравнивания последовательностей
- Выравнивание последовательностей — это процесс сравнения двух или более последовательностей для определения их сходства.
- Выравнивание может быть использовано для построения филогенетических деревьев и предсказания структуры белков.
-
Методы выравнивания
- Прогрессивные методы основаны на последовательном добавлении последовательностей в выравнивание.
- Итеративные методы оптимизируют целевую функцию, используя начальное глобальное выравнивание.
- Поиск мотивов использует профили для поиска коротких мотивов в последовательностях.
- Методы, вдохновленные компьютерными науками, включают скрытые марковские модели и генетические алгоритмы.
-
Структурное выравнивание
- Структурные выравнивания основаны на информации о вторичной и третичной структуре белков или РНК.
- Они используются для точного выравнивания участков с известной структурой.
-
Филогенетический анализ
- Филогенетика тесно связана с выравниванием, так как они оба используются для оценки родства последовательностей.
- Филогенетические деревья используются для классификации эволюционных связей между генами.
-
Оценка значимости
- Выравнивание полезно для определения сходства и построения филогенетических деревьев.
- Однако биологическая значимость выравнивания не всегда очевидна, и могут возникать статистические артефакты.
- Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.