База червей
-
Основы WormBase
- WormBase — это база данных, содержащая информацию о геномах нематод.
- Она включает в себя геномные последовательности, транскрипты, белки и другие биологические данные.
- База данных была создана в 2003 году и поддерживается Европейским институтом биоинформатики, Институтом Сэнгера и другими организациями.
-
Структура и классификация данных
- Геномные последовательности классифицируются по типу и размеру.
- Транскрипты генов и белки имеют уникальные идентификаторы.
- Гены классифицируются по семейству, типу и размеру.
-
Идентификация и классификация генов
- Гены получают названия, основанные на их положении в геноме и других характеристиках.
- Гены могут быть классифицированы как кодирующие белки, псевдогены или некодирующие РНК.
- Псевдогены и гены с проблемными структурами требуют дополнительного рассмотрения.
-
Транскрипты и опероны
- Транскрипты создаются на основе кодирующих последовательностей и могут включать экзоны UTR.
- Опероны — это группы генов, которые транскрибируются совместно.
-
Некодирующие гены РНК и транспозоны
- Некодирующие гены РНК включают тРНК, рРНК, snRNA, piRNA, микроРНК и snoRNA.
- Транспозоны не классифицируются как гены и имеют собственные идентификаторы.
-
Белковые продукты генов
- Белки создаются путем трансляции кодирующих последовательностей.
- Каждому белку присваивается уникальное идентификационное название.
-
Паразитические черви
- WormBase ParaSite содержит черновики геномов паразитических червей.
- Доступна дополнительная информация, включая белковые домены и генную онтологию.
-
Управление базой червей
- Проект поддерживается несколькими организациями, включая Национальный институт здравоохранения и Британский совет по медицинским исследованиям.
-
Примечания и ссылки
- Ссылки на дополнительные ресурсы и статьи, связанные с WormBase.