Формат штабелирования
-
Формат Pileup
- Используется для суммирования выровненных чтений в последовательность.
- Визуализирует SNP/indel и выравнивание.
- Разработан Тони Коксом и Земином Нином, широко применяется в SAMtools.
-
Структура файла
- Каждая строка состоит из 5 или 6 столбцов с информацией о последовательности.
- Столбец 5 содержит базовую строку с информацией о совпадении с эталонным геномом.
- Столбец 6 может содержать качество отображения оснований.
-
Расширение файла и дополнительные ресурсы
- Нет стандартного расширения файла Pileup, но используются различные варианты.
- Ссылки на другие форматы и инструменты для молекулярной биологии.